フラッグショップとは「本店」のこと。フラッグには「旗で装飾する、旗を立てる」の意味と、「(一連のものの中で)ピカ一のもの、最高のもの」の意味があり、流通業では、多店舗展開している中で「本店、あるいはその店舗群を代表する店」を、旗艦になぞらえてこうよんでいる。