レッドブル?ザルツブルク時代[編集]
2006年シーズン終了後、オーストリア?ブンデスリーガのレッドブル?ザルツブルクに1年間の契約で完全移籍し[8][9]、初年度にリーグ優勝を果たした。
レッドブル?ザルツブルクでは、4バックの左右どちらのセンターバックもこなし、2007-08年シーズンからはSKラピード?ウィーン戦（12月7日）、SKシュトゥルム?グラーツ戦（12月15日）などで左サイドバックとしてもスタメン出場した。宮本本人は自らのブログで10年ぶりにこのポジションでプレーしたと振り返っている[10]。
2007年12月には、2009年6月までの1年半の契約延長に合意した。
2008年1月、チームでの練習中に左太腿裏の腱断裂の怪我を負い、現地で手術、リハビリに務めることになった。6月に本格的に練習再開、8月17日には8か月ぶりに公式戦出場を果たす。同年10月28日のオーストリア協会カップ3回戦では海外移籍後初のキャプテンを任され、フル出場した。 前任者のジョバンニ?トラパットーニ監督時代と違い、コー?アドリアーンセ新監督が就任してからは試合出場機会が減少した。