艦内神社 現代の艦内神社
現行の海上自衛隊が保有する艦艇においても、艦内神社は存在している。これは日本海軍時代と同様、明確な規定がある訳ではなく、船員の私幣によって祀られているものであり、政教分離の問題には抵触しない。
海自艦はその艦名の殆どを従来の日本海軍の艦名から引き継いでおり、艦内神社もまた同じ神社を祀る場合が多い。一方で日本海軍時代とは異なる神社を勧請する場合もあるが、その多くはやはり別の視点から艦名に関わりの深い神社である場合が多い。
例として、護衛艦「ゆうばり」は日本海軍時代の軽巡洋艦「夕張」（ゆうばり／ゆふばり）と同様に北海道夕張市に鎮座する夕張神社（ゆうばりじんじゃ）を勧請しているが、巡洋戦艦「金剛」（こんごう）に建水分神社（たけみくまりじんじゃ）が祀られていたのに対して護衛艦「こんごう」では、金剛山山頂に鎮座する「葛木神社」（かつらぎじんじゃ）を祀っているというような違いがある。