生國魂神社 概史 中世
中世頃の変遷は不詳。明応5年（1496年）には蓮如が石山御坊（いしやまごぼう。のちの石山本願寺）を築くが、『天文日記』（てんぶんにっき）等によれば、この石山御坊は生玉社に隣接して建てられたとされる。
『天文日記』によれば、天文（てんぶん、てんもん）12年（1543年）には普請（ふしん）として生玉の畑地に「土井」が、天文13年（1544年）には「生玉屋敷」の堀が築かれた。また、天文15年（1546年）には本願寺により大規模な遷宮祭が実施され、本願寺から神官吉田方には太刀500振が贈られている。当社は本願寺の鎮守のような位置づけにあったが、織田信長と本願寺との間で石山合戦が起こると、天正8年（1580年）の兵火で社殿は焼失した。