出雲大神宮 出雲大社との関係
出雲大神宮は「出雲」を社名としているが、島根県の出雲大社や同じ亀岡市内にある出雲大社京都分院(亀岡市 下矢田町(しもやだちょう))とは別法人の神社である。
祭神の大国主命については、一般には出雲国の出雲大社(杵築大社)から勧請したとされている。ただし社伝では逆に、出雲大社の方が出雲大神宮より勧請を受けたとし、「元出雲」の通称がある。社伝では、『丹波国風土記』逸文として「元明天皇和銅年中、大国主命御一柱のみを島根の杵築の地に遷す」の記述があるとする(ただし、社伝で主張するのみでその逸文も不詳)。
出雲大社との関係も2009(平成21)年の社殿創建1300年を境に一層の交流が始まっている。 参道に立つ「国幣中社 出雲神社」の社名標は出雲大社の元宮司・千家尊福(せんげ たかとみ)の筆によるものである。 また2014(平成26)年に造られた正面の石碑「丹波國一之宮 出雲大神宮」の揮毫は出雲大社現宮司・千家尊祐(せんげ たかまさ)の筆である。