護国神社 論争
自衛隊発足後、殉職した自衛官も護国神社に祀られるようになり、合祀申請は自衛隊地方連絡部（現・自衛隊地方協力本部）協力の下、社団法人隊友会により行われるようになった。しかし、第二次世界大戦前と同様に合祀・合祀申請ともに遺族の同意を一切求めず行われるため、クリスチャンである殉職自衛官の妻が宗教的人格権を侵害されたとして（他の遺族は全員賛成）、合祀の取消と損害賠償等を請求する事態に発展したことがある（山口自衛官合祀訴訟・最大判昭和63年6月1日民集第42巻5号277頁）。
現在、英霊顕彰に関する関心が靖国神社ばかりに集中していることもあり、護国神社は人々の関心が向けられることや政治論争に巻き込まれることが比較的少ない。これを嘆く声がある反面、祭神にとって静かで平穏な環境を保つことができていると肯定的な意見もある。