浄土真宗 歴史 京都に再興
秀吉の時代になると、天正19年（1591年）に、顕如は京都中央部（京都七条堀川）に土地を与えられ、本願寺を再興した。1602年、石山退去時の見解の相違等をめぐる教団内部の対立状況が主因となり、これに徳川家康の宗教政策が作用して、顕如の長男である教如（きょうにょ。1558年-1614年）が、家康から本願寺のすぐ東の土地（京都七条烏丸）を与えられ本願寺（東）を分立した。これにより、当時最大の宗教勢力であった本願寺教団は、顕如の三男准如（じゅんにょ。1577年-1630年）を十二世宗主とする本願寺（西）と、長男教如を十二代宗主とする本願寺（東）とに分裂することになった。
明治維新後の宗教再編時には、大教院（だいきょういん）に対し宗教団体として公的な名称の登録を行う際、現在の浄土真宗本願寺派のみが「浄土真宗」として申請し、他は「真宗」として申請したことが、現在の名称に影響している。
また、長い歴史の中で土俗信仰などと結びついた、浄土真宗系の新宗教も存在している。