Xenが追加されたりといった大幅な機能改善の為の大きな変化を乗り越えていかなくてはいけません。アップグレードは無効になっているSELinuxを有効化しません。ここら辺あたりのようですね。
FC3からFC4へのアップグレードプロセスに関する質問最近稼動していたFC3をFC4にインストールディスクを使ってアップグレードを行いましたが、iptablesとebtablesの機能が失われてしまったようです。ルールのロギングを見ると正常に動いているように見えますが、パケットが通りません。通常のアップグレードで行われるSELinuxの再有効化等のいくつかの手順はうっとうしく思います。あなたの方法はいくつかのこれらプロセスを迂回するんですよね。それとあなたの方法の良い点はなんですか。システムを最新に保つには手動でいくつかの変更が必要ですか。
yumアップグレードFAQ(http://fedoraproject.org/wiki/YumUpgradeFaq )にはいい情報があるそうで、こちらを参考にすると良いそうです。でも、重要なデータをバックアップしてクリーンインストールした方が身のためだと個人的に思いますが。