大失敗

昨日のPCRの結果を電気泳動でチェックしてみたところ、やっぱり上手く行ってなかった。前回よりきれいにバンドが出たものの、計算値と全く合わない。。。結局、現在のmentorであるポスドクだけではわからず、別のポスドクも交えてディスカッションを行い、primerをデザインし直すことにした。前回は6種類のDNAについて同様の手順でprimerをデザインしていたが、今回はそれぞれのTm等を詳細に検討し、一つ一つ条件を細かく変えることにした。というわけでプライマーは全て注文し直しに。前回とほぼ同じだから届くのは来週の火曜か水曜になりそうだ。クローニングって意外と難しい。。。

もう一つ並行して進めていた実験にも間違いが発覚。こちらは配列が短かったので全配列を注文してプラスミドに組み込むだけだったのだが、そのプラスミド中に、この後必要になる別のタンパクをコードする部分が抜けていることが判明。transformationまでやってincubatorに入れた後に判明したので、結局全ての作業が無駄になってしまった。。。ポスドクに言われるままにやってたけど、やっぱり自分でももっと注意深く考えながらやらないとダメだな。いい教訓になりました。

そんなわけで今日は間違いが判明した後はやる事なし。6時前にさっさと帰宅しました。

来週前半はおそらくプライマーがないだろうから暇になってしまいそうだ。。。。。

mini group meeting

今日は昼過ぎからmini group meeting なるものがあった。今いる研究室では大きくわけて２つのプロジェクトが進行中である。一つはtranscriptional activation domainsに関する研究。もう一つはそのTADsに対するcompetitive inhibitorsの探索としての有機合成。このmini group meetingではそれぞれのテーマごとに学生およびポスドクがグループに分かれ、ボスを交えて簡単な成果報告およびディスカッションを行う。この存在は昨日知ったのだが、現在のmentorであるポスドクが早く帰ってしまったため今朝研究室に行くまでは何の準備もしていなかった。そのため、研究室についてポスドクと昨日の結果の考察と今後の方針を話し合った後、急いで簡単なhandoutを作成した。

発表自体はところどころつまづきながらなんとか終了。ほとんど結果と呼べるようなものはなかったが、まぁ初回ということで、全く期待されていなかったはずなので問題はないだろう。PCRの失敗についても報告したが、とりあえず条件を変えてやってみるようにという指示を受けた。

昨日のPCRで複数のシークェンスができたのは、おそらくアニーリングの温度が低かったためだろうというsuggestionを受け、3つのサンプルについてアニーリング温度を少し上げて再度PCRを仕掛けた。

その間に、先週注文していたTADをコードするDNAが届いたため、それを使ってligationを試してみた。必要なplasmidは既にラボの別の院生からもらっていたので、主な作業は試薬を加えるだけ。overnightでincubationすることになっているので明日には結果がわかるだろう。

PCR productsのチェックを今日はやらなかったので、明日はまず電気泳動から始めることにしよう。

１つでもいいから上手くいっていて欲しいものだ。

One busy day

今日は昨日とうって変わって忙しい一日だった。

まず朝からジムに行ってトレーニング。家に帰って朝食後、オイル・フィルターチェンジおよびいくつかの修理見積もりのために車をメカニックに持って行き、そのまま大学へ。

昨日届いたプライマーを使ってさっそくPCRの準備を開始。午前中いっぱい準備に費やして、ランチ、午後すぐにPCRを仕掛けて、待ち時間の間にメカニックに行き、車を引き取って家に帰り、再びバスで大学へ戻る。戻ってすぐにグループミーティングに出席。うちのラボでは成果報告は１年に2回ほど順番が回ってくるらしい。かなりオフィシャルなプレゼンで質疑応答含めて90分ほどかかった。やはりまだ生物系のテーマに慣れてないため、話がわかりづらかった。。。

ミーティング終了後、さっそくPCRの結果を確認するために電気泳動を行う。6サンプルあったので半分くらいは上手くいっているかと思ったが、どれも失敗。2つはまったく増幅せず。3つは複数のシークェンスが増幅され、残りの１つは1種類だけ増幅されていたものの、計算が合わず。

明日、ポスドクと相談した上で、条件を変えてもう一度やることになりそうだ。

電気泳動の結果観察後、すぐに帰ろうと思ったのだが、1時間に1本しかないバスがちょうど行った後であることに気づく。仕方ないので、しばらくノート整理した後、ダウンタウンをうろついてようやくバスに乗る。家についてすぐ買い物に行き、食料等買い込んで帰宅すると既に10時過ぎ。

昨日とのあまりの差に疲れが倍増した気分。

明日は、PCRのやり直しからスタートの予定。なんとか今週中に一種類でも成功させたいものだ。