かつて水の惑星マロン星から地球侵略にやって来たマロン星人の末裔、メール王子と従者のマール。長い年月の間に2人きりになってしまったメールとマールは、プリンセスを迎えて自分たちの世界を建て直そうと決意する。彼らがプリンセス候補に選んだのは、ケロロ小隊のへっぽこ隊長ケロロ軍曹が居候する日向家の長女、夏美だった！深海にある秘密の王国にさらわれてしまう夏美。その日から、ケロロたちの夏美救出大作戦が始まった。（超劇場版 ケロロ軍曹2 深海のプリンセスであります！）
ギロロがこっそり持ち出してきたケロボールに吸い込まれてしまったケロロ、ギロロ、ゼロロ、プルル。中はアスレチックゲームのような迷路空間になっていた。どこまで行っても出口が見つからない！さすがのケロロも泣き出したとき、通りがかりの見知らぬケロン人の子供がボールを拾い上げる。なんとそれは、幼い頃のクルルだった！ケロロとクルルの思いがけない出会い、そしてクルルの体が黄色い理由が明かされる！（ちびケロケロボールのひみつ！？）（作品資料より）