Windows8以降、パソコンの起動時間を短縮するために“高速スタートアップ”という設定が有効になっています。
この設定はパソコンの起動時間を短縮でこるメリットがありますが、シャットダウンしても完全に電源が落ちていないので、トラブルが発生しやすいようです。
シャットダウンとスリープを使い分けて、高速スタートアップの設定は無効にした方が良いかと感じます。