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私は以前OSX Yosemiteにubuntu14.04をデュアルブートして使用していました。
"rEFInd"というブートマネージャーをインストールして、
Macを起動した際にOSXとubuntuを選択できるようにしていたのですが
今回OSXをEl CapitanにアップデートしたところrEFIndが起動しなくなってしまいました。

同様の問題にあたっている方も多いと思いますので、参考HPも示しつつ、備忘録として紹介します。

以降Terminalを使用します。

1:rEFIndを再インストールする。
ダウンロードしたrefindのフォルダ内にある”install.sh”を実行する。
./install.sh

2:EFIフォルダ内にあるフォルダの名称を変更する。

diskutil list

上記のコマンドにより、EFIフォルダのIDENTIFIER(例:disk0s1)を確認する。
その後、下記コマンドを実行する。

mkdir /Volumes/efi
sudo mount -t msdos /dev/disk0s1 /Volumes/efi

この時点で”Resource busy”とエラーが表示される場合がある。
その場合はシステムを再起動してください。

エラーが出なかった場合は下記コマンドを実行

cd Volumes
open .

FinderでEFIが表示されているはずです。
次の手順を参考に、フォルダの名前を変更してください。
・EFIフォルダにある”refind”フォルダ内の”refind_x64.efi”の名称を”bootx64.efi”に変更
・EFIフォルダにある”refind”フォルダの名前を”boot”に変更
・EFIフォルダにある”ubuntu”フォルダ内の”shimx64.efi”の名称を”bootx64.efi”に変更
・EFIフォルダにある”ubuntu”フォルダの名前を”MacBoot”に変更

再起動してOS選択メニューが表示されれば完了。
もしうまくいかない場合は次の方法を順番に試してください。

・システムの再起動
・起動時にAppleのロゴが表示されるまで⌘-Rキーを押し続ける。(リカバリーモード)
①メニューバーから”ユーティリティ”→”ターミナル”を選択してTerminalを起動
②下記コマンドによりSystem Integrity Protectionを無効にして再起動をする。
csrutil disable


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