見直してみて、いろいろとよりよくわかるようになったとは思うのですが、やはり前作からのつながりでないと成立しない要素がたくさんあって、少しごちゃごちゃしてます。預言者のキャストが変更になったのは前の人が亡くなっていたからなんですね。
マシンとの戦いだったものが、いつの間にかエージェント・スミスとの一騎打ちにすり替わる、という点は、初めて見たときも、見直してもあまり説得力がないかなと思ったりします。
実は奥が深いな、と思う会話は、冒頭の駅のシーンでのインド人の父親のセリフの中に言い尽くされている感じがして、これがモチーフなのかな、と思うと最後のザイオンの攻防やスミスとの対決の物量作戦に紛れてしまって、どっかに忘れられてしまう、というのが惜しいなと思ったところです。