西暦2029年。 調査活動中の巨大宇宙船オベロン号には人間の他に、遺伝子操作と高度な訓練で高知能化した猿達も乗せられていた。 あるとき、オベロン号は奇妙な磁気嵐を発見する。 まず、チンパンジーのペリグリースが操縦するポッドを調査に向かわせるが、たちまち磁気嵐に吸い込まれ、通信が途絶えてしまう。 宇宙飛行士のレオもポッドで船を飛び出し、ペリグリースを追うが、やはり磁気嵐に吸い込まれ、ある惑星に不時着する。 そこは人間が高度な知能を持つ猿に支配される世界だった。
猿達に捕らえられたレオは、将軍のセードに危険人物として睨まれるが、人間に好意的なチンパンジー、アリの助けを得て身近な人間ともども脱走する。 不時着したポッドから回収した携帯端末でレオは母船もこの惑星に到着したことを知り、地球へ帰る為に禁断の地域へと足を踏み入れるが、そこにあったのは数千年前に不時着して遺跡と化した母船オベロンの残骸だった。 宇宙船に残された記録から全てを知り絶望するレオだったが、これまで猿に抵抗する術を持たなかった人間達が、噂を聞きつけてレオの下に集まってくる。 そして人間全ての抹殺を決意したセード将軍率いる猿の軍勢も間近に迫っていた。
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