2ちゃんねるの書き込みというあまりに不確かな情報ですが
神宮枠の代替えをどうするかは、年明けの運営委員会
(開会式の入場行進曲とかを決定するあれね)
迄ずれ込むらしいですね
恐らく主催の毎日新聞社としては
都市対抗野球と高校ラグビーの大会無事完走を見届けてから
選抜大会の(有料入場者を入れての) 開催に
正式にゴーサインを出すと思われますが
ここまでずれ込むと「神宮枠どうするか?」
なんて考えている余裕はないと思うので、シンプルに考えて
21世紀枠を3→4に増やすのではないでしょうか?

そして、その他の通常大会との変更点を予想すると
1、開会式の休止
2、球場内売店でのアルコール販売を行わない
3、一般席は外野席も含めてネットによる前売りのみ
4、入場券料には高野連への寄付を上乗せ(要するに便乗値上げw)
5、アルプス席は学校関係者のみ入場可
試合毎に入替え
6、社会状況を顧みて、一回戦終了をもって
大会の打ち切りも視野にいれる

こんな感じですかね?