InDesignで、ブック機能ってのをあまり使っていなかったのだけれど、複数のInDesignファイルからPDFや印刷を行うのは結構便利。
けど、慎重に取り扱わないと、スタイルシートの同期とか思わぬミスを招きそうで、やっぱ、使うのヤメようかなって感じてました。あんまりブックの事、分かってないし(知ろうとしてない…)

javascriptも無意識的に避けていたのですが、割とカンタンでした。

var NewBook = app.books.add(folderName + "test_book.indb");
ブックの名前をつけて、新規作成

NewBook.bookContents.add(folderName + textdata);
ブックにInDesignファイルを追加

NewBook.exportFile(folderName + "連結.pdf",false,"[高品質印刷]",NewBook.bookContents);
PDFに書き出し。

※folderNameには、InDesignファイルのフォルダのパス
 textdataには、ブックに追加したいInDesignファイル名を記入
 テキストファイル(textdata)を読みに行き、グルグル回して1つずつ追加してます。
 CS2、CS4にて動作確認。

スクリプトからなら、ミスが少なく運用してもいいかもです。