武器を運んでいるトラックが襲われた。ドライバーと助手は射殺されていた。
現場を調べていたマギーとOA。付近に捨てられていた装置を発見。ラボで調べてもらう。
オフィスに戻るとOAが発見した装置はエンジンを外部から停止する装置だった。プロの犯行、しかも武器のメーカーの内部犯行が疑われた。
会社によるとトラックに細工できるメカニックは外部業者であった。該当車両の担当者はケビン・マグワイヤーで仕事を休んでいた。彼には武装強盗の前科があり、ライカーズというギャングで薬物の密売をやっていた。ケビンのSNSから一緒にいた女を見つけた。
スコラとライダーがその女からケビンの使い捨て携帯の番号を聞き出し、その位置をマギーとOAが捜索するとトラックが発見された。そして中にはケビンの死体があった。
単なる武器の強奪事件かと思ったら、武器が残され、さらに犯人であるケビンの死体が見つかった。
しかもトラックの武器は奪われておらず、軍用の銃弾だけが盗まれていた。
現場の映像からヌーア・ロジャックが犯人と思われた。ロジャックはNIAというテロ組織のメンバーでOAは5年前に軍の情報部で追跡していた。
スコラとライダーがーがロジャックが運転していた車両を追跡、タイヤについていたペイントから船に使われるDDTが検出された。そのため港の倉庫を捜索する。そこでコンテナの中で人がいた痕跡が残っていた。DNAから死んだはずのNIAのリーダーのマンソールがまだ生きていることがわかった。
殺害したと思っていたテロリストが生きていて、アメリカに潜入したという衝撃の展開だった。
NYPD、CIA、NSAなどとの合同捜査となった。そこで陸軍情報部時代のOAの同僚でNIA追跡任務に関わったブルックスもいた。
OAはNIA追跡時の爆撃でマンソールは死んだと思っていた。ブルックスに真実を問い詰め、マンソールが死んでいた確認が取れていなかったことを知った。
スコラとライダーはNIAメンバーのビザのスポンサーになっていた会社のダニエル・カーンを捕らえる。
OAはマンソールが生きていたことを知ってから強引な取り調べをしたり、取り乱していた。
カーンを取り調べ、ロジャックやマンソールのターゲットがウェストポイントでの式典に出席するカーソン将軍だと予想された。
OAたちに加え、クリスも現場へ向かう。
式典会場に入る前にNIAのメンバーを捕らえていくスワットたち。ロジャックをマギーが捕らえる。マンソールは見つからない。式典の壇上にマンソールを見つけるが、ブルックスからは確認できるが狙えない。OAからは狙えるが顔が確認できない。ギリギリでブルックスの言葉を信じ、OAがマンソールを射殺する。
式典会場ではブルックスとOAがマンソールを狙っていたが、マンソールの真相のことでかなり微妙な関係になっていたが、最後はブルックスを信じてマンソールを射殺した。