10年前の中国
ウォー・ファットとヴィクター・ヘスが米軍に捕らえられたアントンの奪還計画をたてている。ウォー・ファットは茶を持ってきたダユ・メイにも話しに加わるように言う。
現在 ハワイ
スティーブはコールとコールの知り合いの元NSAの暗号解析の専門家に会いに向かっている。待ち合わせ場所に着いたスティーブとコールにダニーから電話があり、誰かに追跡されているという。さらには銃声がする。スティーブは急いでダニーの元に向かった。
到着するとダニーの愛車が火に包まれていた。コールが消火し、スティーブは駆けつけたHPDの警官にダニーが拐われたことを伝える。さらにタニに連絡し辺りの映像を調べる。
本部に戻り映像を確認するとダニーが拉致された様子が映っていた。しかし、車輌は盗難車だった。そこにダユ・メイから電話があり、ダニーと暗号メッセージの交換を要求してきた。アダムが引き留めるが一人で交換場所に向かうスティーブ。
交換場所にはダユ・メイらがいるだけでダニーはいなかった。ダユ・メイはダニーの居場所を教えるが、スティーブは自分の携帯を使わせダニーの無事を確認する。ダニーの無事を確認したスティーブは暗号メッセージをダユ・メイに引き渡した。
取り引き後、スティーブはダニーの監禁場所へ向かうが、ダユ・メイはダニーの処分を命じる。ダニーは自力で拘束具をはずし、処分に来た男を倒した。建物から逃げようとするが、家の外にいた男に撃たれてしまう。そこにスティーブや連絡を受けたファイブオーが到着。ダニーを救出し病院に連れていく。
病院に搬送されたダニーは緊急手術を受けることに。
礼拝室にいるスティーブにコールが近づき、ダユ・メイを捕らえるために暗号メッセージの解読を勧める。クインとコールで元NSA分析官のナンの家に行く。しかし、そこには血痕と引きずられた後が残っていた。車庫から車がなくなっていて、その車で逃走したと思われた。GPSの位置情報を追って廃車工場に行くとナンは殺されていた。コールは別の心当たりに当たってみるという。
病院ではダニーの手術が終わっていた。スティーブはダニーと面会する。そこにクインとコールから連絡があり、暗号は第一次世界大戦のころのドイツの暗号で場所が示されていた。スティーブはそこが母親が埋葬されていたと信じていた場所だった。
スティーブ、コール、クインが墓地に着くと墓は荒らされていた。クインが映像からダユ・メイらが中に隠された大金を盗んだとわかり、さらに仲間の一人もわかった。そこからダユ・メイらが潜んでいる場所がわかった。
スティーブらは潜伏していた埠頭へ。銃撃戦の末、ダユ・メイを捕らえた。
一週間後、旅立つ前のスティーブとダニーが思い出を話す。スティーブが家に戻るとグローバー、アダム、タニ、ノエラニ、ジュニア、コールが別れを告げる。
空港でスティーブの前に現れた女性がいた。キャサリンだった。ナンが殺された後に暗号メッセージを解読したのはキャサリンだった。二人は一緒に飛行機で旅立っていった。
ついに最終回。ウォー・ファット、ヴィクター・ヘス、ダユ・メイが登場した。スティーブの父ジョンはドリスが生きていることを調べていたのだった(チャンプと書かれた工具箱の中身はこの件の捜査資料)
また、コールはナンのことを話しているときにナン以外ならキャサリンが解読できるだろうと話していた。しかし、このまま続けばコールがスティーブの代わりになるんだろうなと思わせるストーリーで、今後の私立探偵マグナムとのクロスオーバーが期待される。
そして最後にスティーブの隣にキャサリンが座りやっと二人の時間が持てることになってハッピーエンドとなった。