ブックマークのフォルダ作成後不具合が出る可能性があります。
不具合が出た場合以下の方法で従来のブックマークを復旧できます。
まずiFunboxなどiPhoneの中身を見れるアプリをダウンロードします。
http://www.i-funbox.com/
(Windows&Macintosh両方対応)
ここではiFunboxを使用した場合をご紹介します。
まず起動すると以下の画面が表示されます。
次に左のメニューで「ユーザーApp」を選択します。
するとインストールしているアプリ一覧が表示されます。
そのなかのSFWBを選択してダブルクリックをしていただくと
以下の画面になります。
その中の「Documents」をダブルクリックで開いてください。
中に「bookmark.archieve」というファイルがあります。
これが旧bookmarkのファイルです。
これをパソコンのどこかへ保存してください。
保存したことを確認後アプリをいったん削除します。
（保存されていることを確認してください。
保存されていない場合旧ブックマークの復元が不可能になります。）
次にアプリを再インストールしてください。
インストール完了後、起動しないでまたiFunboxを起動します。
（起動すると旧ブックマークが読み込まれません。）
次にさきほどのDocumentsのフォルダに
「bookmark.archieve」をコピーします。
最後にアプリを起動します。
するとこれまでのブックマークが復元されています。
今回のバージョンアップで不具合が出た方は
お手数ですが上記方法で復元してみてください。
ご迷惑おかけいたしました。
なおこちらでも原因を究明中ですが、
こちらの環境では上記不具合が発生しないため
なぜそうなるのかまだ判明しておりません。
高確率で事象を再現できる方法がありましたら、
ご一報いただけると幸いです。