いつもご愛用ありがとうございます。
フォルダ対応より発生したブックマークが消える件ですが、
現在も引き続き調査中です。
こちらの環境では発生せず調査が困難になっております。
こちらの環境
iPhone4 iOS6.1.0
iPhone4S iOS5.1.1
iPhone4S iOS6.1.1
iOS simulator iOS5.1.1, 6.0, 6.1
ユーザー様で不具合が発生しましたら、
お手数ですが発生手順を教えていただけますでしょうか。
ご協力お願いいたします。