Kindleにするだけなら特に問題はありませんが、他書店で販売するときにエラーが起こる可能性があるので分けます。
変更するファイルは下記。
document1.xhtml
content.opf
下記を追加。
toc.xhtml
まずdocument1.xhtmlのコピーを作成する。
document1.xhtmlのコピーをtoc.xhtmlに変更。
目次部分を残してあとは削除する。
変更前

変更後

これでtoc.xhtmlの生成は完了。
toc.xhtmlが生成されたら、document1.xhtmlに記載されている、目次部分を削除する。
次にcontent.opfの変更箇所について
下記のように色が変わっている部分を追加する。

また、一番下に追加されている、
<itemref idref="toc"/>
も追加しないとエラーの原因になるので、忘れずに追加する。
