マトイ、アークスに入隊する。
新光歴239年1月8日
主人公、マトイ、新たに発見された惑星ハルコタンを調査するも、言語の翻訳が不十分なため意思の疎通が出来ず、何故か原住民である白の民にマトイが崇め奉られる。※１
新光歴239年1月13日
主人公、マトイ、コトシロと出会う。
新光歴239年1月15日
主人公、【仮面】から「最悪の事態を招く前にマトイを殺すべきだ」と忠告を受ける。※２
新光歴239年1月22日
白の領域に黒の民とダークファルス【双子】が強襲。
主人公たちの目の前に眠りから目覚めたハルコタンの神「スクナヒメ」が現れ、【双子】を退ける。※３
不明（新光歴239年1月22日以降）
新たな創世器「創世」製作開始。
新光歴239年1月31日
３代目クラリスクレイス、自身がサラのクローンだったことを知る。ヒューイからの依頼をうけた主人公とヒューイが２人の仲を取り繕うことで、一時は取り乱したものの互いに姉妹の関係という形で落ち着く。
新光歴239年2月18日
惑星ハルコタンに封印されている邪神マガツの封印を強化する儀式に【双子】とダーカー、黒の民が強襲。
主人公とマトイの活躍で【双子】を退け、スクナヒメの結灰陣により力の再封印は完了するも、封印までにマガツの力の一部が漏れだし復活してしまう。
復活したマガツに対して、アークスで開発していた拠点防衛用人型兵器「A.I.S」を実戦導入。マガツの撃破に成功する。
新光歴239年3月3日
【若人】、惑星リリーパの採掘基地を強襲。主人公、アフィン、メルフォンシーナと共に採掘の防衛任務に参加する。
アフィンの説得により【若人】が自身の存在に疑問を持ち始めた時、突如現れた【双子】に「今の【若人】は力の一部だけを持った偽物」だったことが告げられる。
【双子】が作り出した【敗者】複製体、本物の【若人】複製体の攻撃を受け、更に【巨躯】の出現で窮地に立たされるも、【巨躯】が離反し主人公に加勢。【巨躯】と共に複製体を撃退する。
メルフォンシーナを狙った【双子】の攻撃を【巨躯】が庇い、【巨躯】の力で【双子】ごと異空間に消える。※4
【若人】（ユクリータ）、自身が【若人】でなかったことにショックを受けて姿を消す。
新光歴239年3月11日
スクナヒメ、単身で黒の領域に向かう。黒の王に会うも直後に現れた【双子】に襲われ、黒の王も民も全員が【双子】に喰われていたことを知る。
主人公、マトイが駆けつけスクナヒメに加勢。しかし【双子】の攻撃からスクナヒメを庇った際に【双子】に飲み込まれてしまう。
主人公、マトイ、【双子】の体内空間で同じく捕食されていたルーサーに出会い、ルーサーの助力を受けて【双子】の体内から脱出する。※5
新光歴239年3月13日
主人公、マトイ、アークスシップに帰還。
新光歴239年3月17日
主人公、マトイ、帰還後の検査結果から体内に蓄積されたダーカー因子が危険域に達しているとシャオから警告を受ける。※6
新光歴239年3月19日
ユクリータ、アフィンを人質に取り主人公に自分を殺すよう仕向ける。しかし主人公の攻撃は
ユクリータの体内に残されていた【若人】の残滓だけを浄化。※7自分がＤＦではないことをようやく悟ったユクリータ、またも姿を消す。
新光歴239年3月20日
レギアス、シャオからの指示で創世器を修理していたジグより新たな創世器「終刀・創世」を授かる。
新光歴239年3月21日
スクナヒメ、【双子】と決着をつけるために再度黒の領域へ向かう。
主人公、マトイ、シャオの制止を振り切りスクナヒメの加勢へと向かう。
コトシロ、白の王と民を説得し、窮地に陥っていたスクナヒメを助ける。
主人公、マトイ、激闘の末【双子】を倒すが、【双子】の最後の攻撃からマトイを庇った主人公が体内のダーカー因子の許容量を超えてしまったため深遠なる闇になりかける。※8
マトイ、主人公を救うためクラリッサの力を借りて主人公に蓄積されたダーカー因子を全て吸収し、新たな深遠なる闇となり姿を消す。※9
新光歴239年3月23日
主人公、医務室で意識を取り戻し、マトイが深遠なる闇になったことを伝えられる。
新光歴239年3月24日（仮面ルート）※10
主人公、【仮面】から【仮面】はマトイを救えなかった未来の主人公であること、マトイを救うには殺すしかないことを伝えられる。
悩んだ末、マトイを殺すため【仮面】に協力する。
新光歴239年3月31日（仮面ルート）※10
主人公、【仮面】の犠牲の果てにマトイを殺す。しかし、マトイを手にかけた絶望からＤＦに変異し、新たな【仮面】となってしまう。※11
マトイを救う別の方法を見つけるため時間遡行の旅に出る。
新光歴239年3月24日（主人公ルート）
主人公、【仮面】から【仮面】はマトイを救えなかった未来の主人公であること、マトイを救うには殺すしかないことを伝えられる。
主人公、【仮面】の選択を断り、マトイを救う姿勢を貫いたため【仮面】と一騎討ちの勝負を行う。戦いのなかで【仮面】を説得し、【仮面】と共にマトイを救う手段を見つける決意を固める。
新光歴239年3月31日（主人公ルート）
シャオ、六芒均衡、アークス全ての協力を受け、「マトイ救出作戦」を開始する。
六芒均衡、深遠なる闇を惑星ナベリウスに留めるための結界を展開する。
マトイ、自らを殺してもらうためにわざと完全に乗っ取られたフリをして主人公を攻撃する。しかし、マトイの意識がまだ残っていることを確信し、説得する意思を貫く主人公に殺意が無いことを悟り、深遠なる闇完全復活を阻止するため自害しようとする。
主人公が自害を阻止している間に【仮面】がクラリッサの力を使い、マトイからダーカー因子を吸収する。※12
【仮面】、自身が新たな深遠の依代になることで深遠からマトイを救い、ディーオ・ヒューナルへと変異した後、姿を消す。
新光歴239年4月1日
深遠なる闇、完全復活。
アークス総員で【双子】複製体を撃破しつつ深遠なる闇に戦いを挑む。
深遠なる闇の力が弱まった隙に【仮面】の時間遡行能力で深遠なる闇を復活直前の状態まで退行させ続けることで、一時的な封印に成功する。※13※14
新光歴239年5月1日
アウロラ、目覚める。※15
新光歴239年5月10日
主人公、アフィン、ユクリータ、アウロラと共に惑星リリーパ壊世区域を調査中、アンガ・ファンタージを発見し、撃破する。
アウロラ、創世器「煌舞・アウロラ」に変化する。※16
新光歴239年5月15日
惑星リリーパに封印されていた【若人】の力がアプレンティス・ジアとして復活。
アークス、新型フォトン砲を導入してアプレンティス・ジアを撃破。リリーパに再封印する。
不明
マトイ、シャオからの依頼を受けてジグが作成した新たな創世器「明錫・クラリッサⅢ」を受け取る。※17
主人公、マトイ、激戦による負傷の治療と体内に蓄積された膨大なダーカー因子浄化のため、コールドスリープに入る。
※１
帰還後、この時集められた言語データで翻訳が行われた。
マトイが崇められたのは、惑星ハルコタンの神スクナヒメの容姿が伝承から「小柄な女性」と伝わっており、白の民よりも２回り以上小さいマトイのことをスクナヒメだと思っていたため。後にリサも崇められていた事が本人から語られている。
でも何故か女主人公は崇められない。
※２
これ以降も何度か出現しては忠告を残して消える。話ができるならストーリーとかＥトラで攻撃しかけてくるなよと思ってはいけない。
※３
この時現れた黒の民は【双子】によって造られたコピー。この時点で黒の民は全員【双子】に補食され絶滅している。
スクナヒメが眠りから覚めたというのは封印から～とかではなくて本当にただ寝ていただけ。
※4
この戦いで【巨躯】は敗北して【双子】に喰われている。これにより【双子】は【巨躯】【若人】【敗者】全てのＤＦの力を吸収して深遠なる闇になるはずだったが、主人公が【巨躯】【敗者】の力を吸収、マトイが【若人】の力をリリーパに封印していため力が足りず、深遠なる闇になることが出来なかった。
※5
この時のキレイなルーサーは【敗者】が憑依しておらず、シオンに対する執着もなくなったため主人公に敵対していない。
※6
この時の主人公に蓄積されたダーカー因子の量は一般的なベテランアークスが生涯現役で活動したとしても届くかというレベルなので、着任からわずか1年でここまでに達した主人公の社畜っぷりが異常なことが窺える。
※7
フォトンによる攻撃はあくまでもダーカー因子を攻撃するだけで衝撃はあれど人体には影響はない。ゲーム内にフレンドリーファイアがないのもこの設定のためと思われる。
【若人】の服だけ破けたのは服がダーカー因子で構成されていたため。ダーカー因子が浄化されたにも関わらず直後にユクリータがＤＦの力で転移したのは服に残されていた因子を使用したと思われる。つまり因子を使えば使うほど布地の面積が
※8
【双子】はマトイに自身の力を送り込むことで
マトイの体内に蓄積されたダーカー因子と合わせて深遠なる闇を復活させようとしていた。主人公が庇って取り込み、それをマトイが全て吸収したため、主人公に蓄積された【巨躯】【敗者】【双子】の力、マトイに蓄積された【若人】の力とＤＦの力が全てが揃ったことになる。
※9
この後現れてクラリッサを回収した【仮面】は、主人公ルートで主人公に説得された直後に時間遡行でやってきた【仮面】と思われる。
※10
この時プレイヤーが操作しているのは主人公ではなく、ＤＦに変異する前の【仮面】。
この話から「マトイを助けられなかった最初の【仮面】」「【仮面】の提案でマトイを殺した【仮面】」と、最低２人の【仮面】がストーリー内にいたことになる。
（2019年3月24日加筆修正）
これまでは同一世界線で主人公が【仮面】になり、過去に戻るループとなっていたが、クラリッサに残されたシオンの力を使うことで、主人公の世界線と【仮面】の世界線が分割された。
そのため、【仮面】がDFの力を吸収した時点から【仮面】は「主人公の未来の同一人物」ではなく、「平行世界の別人物」となっている。
※11
本来のＤＦは深遠なる闇から産み出された存在であるが、【仮面】だけは絶望した主人公のフォトンが変異した存在なので他のＤＦとは別枠になり、コピーシオンが負の感情を受けて変異した深遠なる闇と同じ変異をしている。
※12
この時クラリッサの中にいたシオンは本人ではなくあくまでも力の残滓。ダーカー因子をマトイから【仮面】に移し変えること、世界線を分割することに最後の力を使ってしまったため、クラリッサはこの直後に消滅している。（EDのシーン）
※13
終盤の深遠なる闇と一騎討ちをするところは、EP3をクリアした状態でプレイすると深遠の姿が【仮面】からプレイヤーアバターに変わる。
これについて、
「この時だけプレイヤーが操作しているのは実は【仮面】の精神体で、深遠に乗っ取られた【仮面】自身の肉体に対して攻撃している」
「深遠の即死技に対して、精神世界から【仮面】が深遠の技を阻止しようとしている」
などの説があるが、公式の発表ではないので真相は不明。
なお、ラッピースーツやトナカイスーツで挑むとプレイヤーの腹筋が大変なことになる。
※14
深遠なる闇が破壊した惑星ナベリウスは、【仮面】の時間退行の影響を受けて破壊される以前の時間まで戻されている。本来はシオンやシャオの補助がないとここまで出来ないはずだが、深遠なる闇＝コピーシオンの力を得たため単独で使用できたと思われる。
また、ナベリウスを喰らって力をつけようとしていたことは、EP5のブラックホールが銀河を喰らって力を得ていることと繋がる。
※15
ユクリータに残されていた【若人】の残滓が主人公によって浄化され、アプレンティス・ジアの復活が近いことがトリガーとなって目覚めたと思われる。
フォトナー時代は妙齢の女性だったが、ユクリータに譲渡された【若人】の力が僅かだったことと、最盛期の姿をイメージできなかったため子供の姿になってしまっている。本人は若返ったので気にしていない模様。
肉体は既に無いので実体化しているときはフォトンで姿を構成している。また、魂がユクリータと繋がっているためお互いの考えがそのまま相手に伝わる。
※16
アウロラの台詞から、フォトナーには「7の男神、13の女神」と呼ばれる最上級の存在がいたことが明かされている。アウロラが13の女神の一柱であり神が全員創世器になったとすると創世器は全部で20個存在するのではないか、武器の種類が18種あるためあと２つ追加されるのではないかとの考察もあるが詳細は不明。※18
また、創世器の力の源がシオンであることや、アウロラがシオンにもう会えないと知って寂しそうにしていたところから、「7の男神、13の女神」は全員がシオンの縁者だった可能性もある。
※17
TA時には既に所持していたので早ければコールドスリープ前、遅くてもコールドスリープから目覚めた直後に受け取っているはず。シャオの許可がおりてから創世の完成までおよそ２ヵ月、世果全損から半年かかっていると考えると、クラリッサⅢが完成したのはマトイのコールドスリープ中であると予想される。
※18
EP5終盤、EP6の紹介ムービーにて、終の女神シバ、偽の女神の名前が明らかになった。美の女神アウロラと同じ異名とすると、終の女神と偽の女神以外が創世器になったとした場合、追加の武器カテゴリはないことになってしまう。残念。
PSO2公式サイト：http://pso2.jp/