注：この記事はPSO2ストーリーの時系列をまとめたものです。一部ネタバレがあります。
不明
惑星調査をしていた人類が「惑星シオン」を発見する。意思を持つ惑星シオンとのコンタクト成功により、シオンから「フォトンの扱い方」を伝授される。※18
光歴元年
フォトンをエネルギーに転換する技術を確立。無限に等しいエネルギー源を手に入れた人類は「フォトナー」と名乗るようになる。
光歴20年
惑星シオンの「自身を乗せられる船を作ってほしい」という要望を受け、惑星シオンを内包した超巨大船「マザーシップ」が建造される。
光歴50年
マザーシップ、及び初期型アークスシップ24番艦までが完成。以降、惑星調査団は『オラクル』と名前を変え、シオンと共に再び惑星調査の旅に出る。※1
光歴200年
様々な惑星を調査し、現代に至るまでの様々な技術を確立させる。
不明
初のコピーシオンが完成。しかし、制御ができなかったため亜空間に遺棄する。※2
以降もコピーシオンを作成するがことごとく失敗。
最もオリジナルに近い性能を持つコピーシオンが完成するも、政治的駆け引きなどで蔓延した負の感情を吸収してしまい、深遠なる闇へと変貌してしまう。
アウロラ、永遠の若さを求める欲望から深遠なる闇を受け入れ、初代ダークファルス【若人】となる。
光歴500年
ブラックホール調査中のアークスシップ１隻が行方不明になる。同時にブラックホールも消滅。※3
後日、行方不明だったシップが突如現れオラクルを攻撃後自爆。破片は消滅したため調査できず。
光歴600年
様々な惑星で謎の生命体が確認され、ダーカーと呼称される。
光歴700年
ダーカーに対してフォトンが有効的と証明される。また、ダークファルスの存在も確認される。
光歴1000年
オラクルの方針を「惑星調査」から「ダーカー殲滅」に移行。※4過去に調査した惑星の原生民にフォトンを扱う力を与える実験を行い成功。ヒューマン、ニューマン、キャストを作り上げ、オラクル内に「ARKS※5」を設立する。
新光歴元年
元号を新光歴に改める。アークスの練度を上げつつ、ダーカーに侵食された惑星を救う旅を続ける。
新光歴40年
惑星ナベリウス発見。
新光歴90年
惑星リリーパ、惑星アムドゥスキア発見。
アムドゥスキアにて知的生命体の龍族の存在が確認される。
新光歴140年
龍族の言語翻訳に成功するも、有効な関係は築けず。以後定期的な交流が続けられる。
新光歴170年
惑星ナベリウスのダーカー殲滅を完了させる。
新光歴198年
ダークファルス【巨躯】を惑星ナベリウスに封印する。この戦いで最も高い功績を残した６名を、アークスを纏め上げる「六芒均衡」に任命。中でも特に功績が高かったレギアス、カスラ、クラリスクレイスは三英雄と呼ばれるようになる。※6
ダークファルス【巨躯】との激戦で瓦解仕掛けていたアークスを建て直すも、ルーサーに実権を握られてしまう。
新光歴207年
初代クラリスクレイス（アルマ）、没。※7
新光歴210年
アークスの勢力が急速に拡大。第２世代が出現し始める。※7
不明（新光歴218年？）
第三世代のアークスが現れ始める。※8
新光歴220年
初代カスラ（スーくん）、没。※9
不明（新光歴222年頃？）
アキが調査していた龍族の研究成果にカスラクローンの一体が目をつけ、『造龍計画』がスタート。クロームドラゴン（ハドレット）とクーナが作られる。※10
新種族「デューマン」が現れる。※17
新光歴225年
龍族との関係が悪化、相互不可侵状態となる。※9
新光歴226年
シオンがマトイを作り上げ、二代目クラリスクレイスを襲名させる。※11
新光歴227年
六芒均衡の四アトッサ、六ヴォルフ、没。※11
EP0
新光歴228年7月9日（歴史改変）
ゼノ、謎のアークス（時間遡行で現れた主人公）と出会う。その強さに憧れて主人公を師匠と呼ぶようになる。
新光歴228年7月13日（歴史改変）
時間遡行で現れた主人公と二代目クラリスクレイスが知り合う。
新光歴228年7月24日
ダークファルス【若人】と二代目クラリスクレイスが戦う。【若人】の力の大半がリリーパに封印されるも、【若人】本体には逃亡される。※16
新光歴228年8月7日（正史）
二代目クラリスクレイスがアークスシップを強襲したダークファルス【若人】を撃退するも、体内のダーカー因子が暴走し新たな深遠なる闇となりかける。自身を消滅させて復活を阻止しようとするが、クラリッサとメルフォンシーナの尽力によりダーカー因子と記憶を失って10年後のナベリウスに転移させられる。※12
新光歴228年8月7日（歴史改変）
二代目クラリスクレイスがアークスシップを強襲したダークファルス【若人】を撃退した直後、ダークファルス【仮面】の襲撃を受け致命傷を負う。同時刻に時間遡行で訪れていた主人公により【仮面】を退けるも、クラリスクレイスのダーカー因子が暴走し深遠なる闇になりかけていたためクラリッサによる自身の消滅を敢行。シャオの判断で強制帰還させられた主人公の時間遡行に巻き込まれ、消滅は免れたもののダーカー因子と記憶を失ったマトイは10年後のナベリウスに漂流する。※12
同日、サラがダークファルス【若人】の攻撃を受けて瀕死の重症を負うも、二代目クラリスクレイスとクラリッサの力で蘇生。クラリッサの適応者となったことをルーサーに目をつけられ誘拐、クラリッサ解析のための実験材料にされる。
撃退され力をほぼ失ったダークファルス【若人】は偶然居合わせたアフィンの姉ユクリータの身体に乗り換えて復活を試みるも、途中でダークファルス【双子】に捕食される。不完全なダークファルスと化したユクリータは利用価値があると判断した【双子】により連れ去られ、ダークファルス【若人】として育てられる。
西暦2016年
アラトロン、月面調査中にマザーと出会う。
地球圏にてエーテルの存在が確認される。
地球で異能力者の発生や怪奇事件の件数が増加する。
エスカタワーが世界各地に建設される。
デパートの崩落事故によりヒツギ、エンガの両親が亡くなる。
不明
自身の死を予測したシオンの手により、後継者シャオが秘密裏に作られる。
ルーサーの実験材料にされていたサラをマリアが救出するも、過酷な実験により廃人と化していたためシャオと精神を共有することにより一命をとりとめる。以降、シャオはルーサーの動向を調査しながら刻が来るまで身を隠す。
新光歴229年
アムドゥスキアとリリーパのダーカー数が増加していることが確認される。
新光歴230年
ルーサーの推薦により現れた人物に二代目カスラの名が襲名され、六芒均衡の三に任命される。※11
新光歴234年
ルーサーの推薦により現れた人物に三代目クラリスクレイスの名が襲名され、六芒均衡の五に任命される。※11
新光歴235年
ヒューイ、実績と戦闘力を認められ六芒均衡の六に任命される。※13
不明（新光歴237～238？）
クーナ、アイドルデビュー※14
ハドレット、実験中に暴走し施設を破壊して逃亡。クーナに抹殺任務が与えられる。※15
※1
この時まで惑星シオンがあった場所が宇宙の中心、後にEP5で異常ブラックホールが発生した地点になる。
※2
この時遺棄されたコピーシオンは時空を超えて46億年以上前の地球に衝突。砕け散った破片は長い年月をかけて集まって月になり、後のマザーが生まれた。
※3
光歴500年より少し前辺りに最期のコピーシオン（＝深遠なる闇）が作られたと思われる。
※4
恐らくこの辺りで深遠なる闇を封印したと思われる。
※5
「（フォトナー）種を守るために人工的に作られた種で構成された部隊」という意味らしい。深遠なる闇を封印する課程でフォトナーはフォトンを扱う力を失ったため、自身を守る手段としてアークスを作成した。
しかし、皮肉にもアークスはフォトンのお陰でダーカー因子から身を守ることは出来たが、フォトナーはフォトンを失っていたためダーカー因子を防ぐことができず衰退、ダークファルス化していたルーサー以外は絶滅した。
もしかしたらマザーシップ内のフォトンの海に還ったフォトナーを守る、ということかもしれないが、シオンの死後旧マザーシップは丸ごと破棄されたので結局絶滅している。
※6
「倒した」と報告されていたが、実際には【巨躯】を消し去ることが出来ず、初代クラリスクレイスがクラリッサで力と本体を分離させた状態で別々にナベリウスに封印した。
「ダークファルスは倒せる」と封印の報告を隠し、生き残ったアークスを騙すことで士気が上がり持ち直すことは出来たが、その後も40年にわたって真実は秘匿され続けた。
また、実際に活躍したのはレギアス、マリア、アルマ（クラリスクレイス）の３名だが、三英雄とイーブンナンバーが牽制し合うことで均衡を保つためにマリアがイーブンナンバー側になり、ルーサーを牽制するために初代カスラが三英雄側に付いた。
イーブンナンバーの発足はレギアスがルーサーの傀儡になる代わりに出した条件であり、六芒のトップであるレギアス（ルーサー）の一存だけで動向を決定できないようにするためのストッパーの役割を持っている。
※7
アルマの時間停止能力をルーサーが欲し、過酷な実験を施されたため肉体が限界を迎えて死亡した。しかし精神はアカシックレコードの中に残り、EP5ではクラリスクレイスのフォトン体を譲り受けて姿を表す。
アークスの復興にルーサーの技術が必要だったため元々余命いくばくもないアルマがルーサーと取り引きをし、自身を実験材料にする代わりに技術をアークスのために使わせるようにしていたことがオムニバスクエストで語られている。なお、この時のアルマのフォトンデータとルーサーの技術により第二世代が誕生する。
※8
第２世代の突然変異が第３世代となったとされており、本編よりおよそ20年前から存在が確認されている。
※9
ルーサーにとって初代カスラは六芒均衡の中でも特に厄介な存在だったため、ルーサーの「他人の体に乗り移り支配する」能力で限界が来ていた元の肉体を捨てカスラの肉体を乗っ取り、カスラの精神だけを殺したと思われる。ルーサーはこの能力で何度も身体を入れ換えて数百年にわたって生き延びてきていた。ダークファルス【若人】や【巨躯】も似たような能力を使うためルーサーの能力なのかダークファルスの能力なのかは不明。
※10
クーナの年齢（16歳、新光歴238年時点）から逆算しただけなので確証はないが、225年に龍族との関係が悪化していることから、造龍計画が関与した可能性を考慮するとあながち間違いでもないのかもしれない。
（龍族は「龍族はアムドゥスキアから産まれ育ち、死後魂はアムドゥスキアに戻り再び産まれ変わる」と信じているため、理の外で造られたクロームドラゴンを認めなかったとも考えられる）
もしくは計画を知ったルーサーが計画に関与したため悪化したとも考えられる。
また、造龍計画の発案者は襲名する前の２代目カスラであり、少なくともこの時点で２代目カスラは存在していたことになる。初代クラリスクレイスの死後に作られた場合は実年齢と同じになるが、初代カスラの死後に作られたとすると、意外にも本当の実年齢は主人公やクーナに近いのかもしれない。
※11
シオンはルーサーを警戒していたため、マトイを六芒に据えて牽制しつつ、クラリッサ経由で直接指令を与えることでルーサーと六芒からマトイを遠ざけていた。
そのため六芒均衡は本来奇数の三英雄と偶数のイーブンナンバーが互いを抑制することで釣り合いを取っていたが、アークスを人質に懐柔したレギアス以外はルーサーと敵対する形になっていたため手を下しやすいアトッサとヴォルフを暗殺して反乱を未然に防いだと考えられる。
また、ダークファルス【若人】が２名を殺したとEP0で判明したが、アークス内では病死という発表がされている。
その後、ルーサーのスペアボディとして作ったクローンを六芒掌握とレギアス監視のために二代目カスラとして三の席に配置、更に二代目クラリスクレイス死後空席になった五の席にクラリッサ研究課程で作成したサラクローンの中でも特に戦闘力が高かった者を三代目クラリスクレイスとして配置することで三英雄を完全に掌握。イーブンナンバーはマリアしかいなかったので事実上の六芒均衡掌握を果たしたと思われる。
三代目クラリスクレイスは238年時点で16歳とされているが、10年前に拉致されたサラのクローンであり、234年には襲名されていたため実年齢は４～10歳と思われる。
※12
この頃のマトイ（＝二代目クラリスクレイス）は『圧倒的な力で敵味方問わず無差別に殲滅する恐怖の存在』と周囲に認識されていたため、10年後に転移することを予測していたシオンの力で、再び現れたマトイが恐怖の対象にならないよう人々の記憶やアークスの記録を『二代目クラリスクレイスは【若人】と相討ちになり死亡した』という形に改変し、それ以外の二代目クラリスクレイスに関する全ての情報を消去していた。また、深遠なる闇の器になったことがダークファルス【双子】に知られてしまったため10年後に【双子】に狙われないように全ての記憶から消去したとも考えられる。そのため、10年前の記録がほぼ残されていないことを不審に思ったシャオからの依頼で主人公が時間遡行することになった。
メルフォンシーナの死は「確定された事象」になってしまったため、改変後は同じ場所にいた【双子】に殺されている。
※13
イーブンナンバーが増えることはルーサーにとっては好ましくないはずだが、自身の計画を優先させるためにクラリスクレイスのお目付け役として適任（わがままなクラリスクレイスが納得できる強さと、ヒューイのお節介な性格、かつ六芒の裏事情を知らない）と判断して採用を容認したと思われる。
※14
上層部からの命令でアイドル活動を行っているため、本人の希望でアイドルになったわけではない。アイドル活動の目的は慰安と称してアークスシップ間を移動して対象を暗殺するため。
また、六芒は実質ルーサーの手中にあるが、空席となっている四の席が復活した場合均衡が取れてルーサーの意のままに扱えなくなるため、均衡を崩す目的で存在しない零の席をルーサーから与えられている。
※15
虚数機関が研究していた非人道的な実験にクーナが披検体として選ばれていたが、クーナを守るためにハドレットが代役を務め、暴走を引き起こし逃亡した。
※16
このあと二代目クラリスクレイスから語られる「怖がらせてしまったアークス」はメルフォンシーナ（姉）だったことがEP0で明らかになる。EP0での「メルフォンシーナと二代目クラリスクレイスの出会い」は主人公の歴史介入により無かったことになったが、「二代目クラリスクレイスがメルフォンシーナに恐怖感を与えてしまった」事実は改変されていないため別の日に偶然（実は確定事象）リリーパで出会っていると推測される。
※17
宇宙で偶然発見された未知の遺伝子からデューマンが作られたこと、同じ遺伝子がクロームドラゴンからも検出されていることがイオの口から語られている。
実はハドレッドの体組織から作られた存在がデューマン。主人公とハドレッドが対峙した際、意図的にシオンが主人公の時間遡行を利用して体組織を過去に送り込んでいた。
EP5現時点で年齢が公開されている最年長デューマンはピエトロ（20歳／241年時点）なので、少なくとも221年の時点ではデューマンが存在していると思われる。
※18
EP5でシオンと全く同じ姿をした人物「クラリッサ」が登場。恐らくシオンの姿のモデルになった最初のフォトナーの一人であり、シオンが自ら作成した創世器クラリッサの名前の由来になった人物だと思われる。
PSO2公式サイト：http://pso2.jp/