UFO現象に関する最後の公式研究は、空軍との契約のもとコロラド大学によって実施されました。研究では、UFOがアメリカの安全保障を脅かしていることを示す十分なデータは存在しないと結論付けられました。この最終結論は政府を満足させ、空軍が公式にUFO調査事業から撤退することを可能にしました。
1969年12月に空軍が「ブルーブック計画（Project Blue Book）」を正式に終了した際、「アクエリアス計画（Project Aquarius）」はNSC（国家安全保障会議）/MJ-12の管理下で運用が継続されました。NSCは、UFOの目撃や事例の調査を、国民に一切知られることなく極秘裏に継続する必要があると考えました。この決定の背景にあった理由は次の通りです。もし空軍がUFO調査を継続した場合、最終的にはセキュリティクリアランス（機密アクセス権）を持たない、あるいはブリーフィングを受けていない空軍や国防総省（DOD）の民間高官が、アクエリアス計画の裏にある事実を知ることになってしまうためです。
当然ながら、作戦上のセキュリティ（運用防諜）の観点から、このような事態を許すわけにはいきませんでした。UFOの目撃や事例の調査を極秘裏に継続するため、CIA/DCEおよびMJ-12の調査員が軍の調査部隊に配属され、全米およびカナダ全域で発生する正当なUFO/IAC（識別不能な航空機）の目撃や事例をすべて調査するよう命令を受けました。これらのエージェントは現在、全米およびカナダのさまざまな場所で活動しています。すべての報告は、直接的または間接的にMJ-12へと集約（フィルタリング）されます。これらのエージェントは、機密性の高い政府施設内またはその近くで発生したUFO/IACの目撃・事件に関するレポートを収集しています。
報告された目撃や事件の多くは、核兵器基地の周辺で発生しています。地球上の核兵器に対するエイリアンの関心は、宇宙に影響を及ぼしかねない将来の地球上での核戦争の脅威に起因しているとしか考えられません。空軍は、エイリアンによる盗難や破壊から核兵器の安全を確保するための措置を開始しました。MJ-12は、エイリアンが平和的な目的で私たちの太陽系を探索していると確信しています。しかし、私たちには別のレベル（機密レベル）の情報があり、それによると複数の異星人種が地球を訪れているとのことです。
大統領： 「なるほど、一度に消化するにはかなりの情報量だな。たくさん質問をメモしたよ。だが、一度休憩を入れてから再開しよう。」
（休憩）
大統領： 「よし、続けられると思う。」
ケアテイカー（管理人）： 「ありがとうございます、大統領閣下。続けさせていただきます。1976年のMJ-12の報告書では、エイリアンの技術は私たちの技術よりも数千年進んでいると推定されていました。当校の科学者たちは、私たちの技術がエイリアンと同等のレベルに達するまでは、エイリアンの宇宙船から得られた膨大な科学情報を理解することはできないだろうと推測しました。私たちの技術のこのような進歩には、何百年もかかる可能性があります。
エイリアンの宇宙船を研究する最初のプログラムの中で、私たちは多くの異なるプロジェクトを開始しました。1949年に当初立ち上げられた最初のプロジェクトは、生き残ったエイリアン（EBE 1）および回収されたエイリアンの遺体から医療情報を収集・評価することでした。このプロジェクトはEBE 1を医学的に検査し、当校の医学研究者に進化論に関する多くの解答をもたらしました。
1954年に「グリーム計画（Project Gleem）」の一部として当初立ち上げられた次のプロジェクトは、1966年に独立したプロジェクトとなりました。そのミッションは、エイリアンとのコミュニケーションを確立することでした。このプロジェクトは大きな成功を収め、これについては後ほど別のレベル（機密段階）で議論されます。他に2つのプロジェクトがあり、それらはエイリアンの船のテスト飛行と、私たちの宇宙プログラムとEBE 1から得た情報との間での技術クロスオーバー（技術統合）に関わるものでした。」