会計ソフトを選び際にはまず、使い方を考えてください（会計ソフトの選び方 その１を参照してください）
会計ソフトを選ぶのがコツは付属機能で選ぶことです。
その理由は、他の要素は一時的もしくは解消が可能ですが必要な機能が無かった場合は買い換えなければならないからです。
たとえば、“使い易さ”には設定や慣れによりそれほど差はなくなりますし、価格の差は長く使えば、無くなっていきます。
機能といってもさまざまな機能がありどのような機能が付いているのが良いかわからないかもしれません。
ここでは、重要なものについて述べていきます。
ただ、一番大切なことは、どの機能を使いたいか又は、将来使うだろうかということです。たとえば、会社（法人）には個人の確定申告の作成機能が付いていても不要なだけですし、手形取引が無い会社には手形管理機能は無くてもよいのです。
まずは、部門管理と予算管理ができるかどうかです。これらの機能は、基本的な機能ですが簡易版には付属していないことが多いので必ずチェックしてください。これらの機能は最初不要に思われるかもしれませんが、会計ソフトの機能の中で、一番経営判断に役立つ昨日だと私は思いますので、できる限り、あるソフトを選んでほしいとは思います。
次に、
個人事業者の方は
手形管理機能（手形取引が無ければ不要、注意：別ソフトの場合もあります）
固定資産管理機能（減価償却費の計算が可能）
資金繰り
決算書および申告書作成機能（申告書作成機能は別になっているものありますし、国税庁のホームページからも作成が可能ではあります）
消費税申告書作成機能
会社（法人）であれば
手形管理機能（手形取引が無ければ不要、注意：別ソフトの場合もあります）
固定資産管理機能（減価償却費の計算が可能）
資金繰り
消費税申告書作成機能
決算書作成機能
科目内訳書作成機能（法人税の申告書に添付する書類、注意：別ソフトの場合もあります）
事業概況書作成機能（法人税の申告書に添付する書類、注意：別ソフトの場合もあります）
などがあります。
使いたい機能を確認した後は、候補のソフトの機能を比べてみてください。次回は、私が実際に今までに使った４つのソフトについて、その特徴を書いてみたと思います（参考になるか判りませんが）。
また、下記のURLは他の人が書いたものですが参考にしてみてください。
http://www.atmarkit.co.jp/im/cap/serial/accounting/01/01.html