Unityのプレハブ化とは

プレハブはAseetの種類の１つです。 再利用可能なゲームオブジェクトでプロジェクトビューに保存されます。プレハブは複数のシーンにも、また、１つのシーンに複数追加する事も出来ます。
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など記載されていますが要するに「何度も使用するオブジェクト（自分で作ったCubeや銃弾などの飛び道具）
を登録しておけば簡単にコピー出来ますよー」って事です。

プログラミング経験者はインスタンスと言えばわかりやすいと思います。
その都度その都度新しいインスタンス化するための仕組みです。

詳しくはここに書いてあります。
http://ws.cis.sojo-u.ac.jp/~izumi/Unity_Documentation_jp/Documentation/Manual/Prefabs.html