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肥満細胞腫の治療は「皮膚型」の場合、腫瘍部分を手術で切除し、その後ステロイド剤(副腎皮質ホルモン薬)を投与します。
「内臓型」で脾臓に腫瘍がある場合は、脾臓を摘出します。そのほかに、化学療法や放射線療法をおこなうこともあります。