ReplicatorGとMakerWareの２つのアプリケーションが使用できます。
MakerWare ReplicatorG
ReplicatorGはReplicator以前のモデルのCupCake CNCやThing-O-Maticなどでも使用されてきた出力ソフトです。
僕がReplicatorを購入した去年の8月の時点では、ReplicatorGしかありませんでした。
MakerWareはReplicator(single, dual, 2, 2X)用の出力ソフトです。
まだBeta版ということでMakerBotが想定している正式版の完成度には達していないのでしょうが、
2/27にバージョンが1系から2.0.0にアップデートされ、かなり完成度があがりました。
MakerWareの1系では2色刷りができないなど
ReplicatorGに機能で劣る部分があったのですが
2.0.0になって、ReplicatorGより劣る部分がほとんど無くなって来ました。
RepilicatorGと比較したMakerWareの特徴は↓↓
●MakerWareの長所
GUIがリッチで使いやすい
複数のstlデータを一度に出力するように設定できる（ReplicatorGは1個）
GCODEの生成がReplicatorGより数倍早い。
2.0.0で2色刷りが可能になり、設定もReplicatorGよりもわかりやすい
●MakerWareの短所
Skeinforgeの全ての設定に対応していない。
⇒ReplicatorGより細かい出力設定ができない
サポートの出力品質にも差があるみたいですが
ReplicatorGのほうが、効率よく除去し易い形で印刷してくれるみたいですが
こちらは自分では未確認なので、今度比べてみようと思います。
出力設定を極めたいならまだReplicatorGのようが少し歩がありますが
そうでなければ、今はMakerWareを使用したほうがよさそうです。