1 概説
（1）申立て
特別清算は、解散した株式会社に清算の遂行に著しい支障を来すべき事情がある場合や債務超過の疑いがある場合に、適正な清算を行うため、裁判所の監督下で行われる清算手続です（会社法510条）。
特別清算手続は、清算株式会社に清算の遂行に著しい支障を生ずべき事情がある場合、または債務超過の疑いがある場合に開始されます（会社法510条）。特別清算開始の申立ては、債権者、清算人、監査役または株主がすることができますが、清算株式会社に債務超過の疑いがあるときは、清算人は特別清算開始の申立てをしなければなりません（会社法511条）。
（2）清算人
特別清算の場合、取締役、定款で定める者、株主総会の決議によって選任された者が清算人となり（会社法478条1項）、清算事務を行うことになります（会社法523条）。
清算人は債権者、清算株式会社および株主に対して公平誠実に清算事務を行う義務を負うことになります（会社法523条）。そして、清算人は裁判所や監督委員による監督を受けることになります（会社法519条、同527条1項等）。
（3）個別執行の禁止等
特別清算では債権者による個別執行の禁止（会社法515条1項）や会社による債務弁済の制限（会社法537条）が規定されているため、債権者が財産の配分を受けるためには特別清算手続に参加することが必要となります。このような清算株式会社の債権者の債権を「協定債権」といいます。
もっとも、一般の先取特権その他一般の優先権がある債権、特別清算の手続のために清算株式会社に対して生じた債権および特別清算の手続に関する清算株式会社に対する費用請求権は個別的な権利行使が認められています（会社法515条3項括弧書）。
（4）第二会社方式
特別清算は、第二会社方式を使って新会社で再建する場合に旧会社の清算手段としても使われます。ここで、第二会社方式とは、収益性のある事業部門を別法人（第二会社）に譲渡・分割して事業の継続を図るとともに、負債・赤字部門を残した旧会社を清算する再生手法です。後継者を代表者とする新会社を設立し、この新会社に旧会社の事業を事業譲渡ないし会社分割により承継させ、旧会社は新会社から対価を受け取って金融機関に返済して、清算する手法です。新会社はMBOやEBOを使って設立することもあります。
（5）通常清算が適した場合
前述の第二会社方式において、旧会社が債務超過でない場合や債権者全員の協力が得られる等清算手続の遂行に支障がない場合には、特別清算ではなく、通常の清算手続で会社の清算が行われます。