払い下げの値段が安すぎる、ただ同然ではないか、などといわれておりますが、どうして国有地の売却が一般競争入札による売却でないのか疑問に思われた方も多いと思います。
確かに国有地は、原則として一般競争入札により売却されるのですが、賃借権等の権利が付着している場合には、いわゆる相対契約により売却することが可能です。
（関東財務局のサイト・Ｑ８参照）
２ 権利が付着した財産の売却
物納財産等で賃借権等の権利が付着した財産については、当該権利者に直接売却することが可能です。
しかしながら、小学校を開校する用地ですから、私立学校法２５条１項の基本財産として、原則として校地を所有している必要があります。（原則ですから、もちろん例外もありますが。）
小学校を建てるために更地である国有地を賃貸するということ自体が不可解なことであり、国有地を最大限活かしていく（高く売る）ためには、更地のまま一般競争入札にかける
べきであることは明白です。
（土壌中の廃棄物や汚染があっても、その道の業者さん（その処理を可能な業者）であれば、高額で買い入れても十分に採算がとれる結果、国有地が高く売却できることとなります。）
つまり、本件は、土地を森友学園に賃貸する時点で、既に近い将来、廉価で学園側に売却することが決まっていた可能性が高いものと思われます。
一般競争入札を回避し、廉価で売却するためのお膳立てとして土地を賃貸したものとみるべきでしょう。
賃貸借契約の内容等不明な点がありますが、最初に賃貸することで入札が回避されたことを指摘する記事等が少ないようなので書いておきます。