センチネルがザイオンに到着するまで72時間を切っていた。
一方、ネオはトリニティが殺される夢を見て思い悩んでいたがトリニティには言えずにいた。
ネオたちは預言者に会い、人類を救うためにコンピューターのソースへ行けと言われる。
ソースに行くにはキーマスターが必要だと言われ、キーマスターに会いにいく。
キーマスターはメロビンジアンというフランス人に囚われており、運が良ければキーマスターに出会えるということだった。
ネオたちはキーマスターを渡してほしいとメロビンジアンに頼むが断られる。
帰り際にメロビンジアンの妻パーセフォニーに呼び止められキーマスターを渡すと言われついていく。
そして、キーマスターに出会ったネオたちはメロビンジアンに見つかり命を狙われる。
ネオとモーフィアスとトリニティは散り散りになりながらメロビンジアンの手下たちからキーマスターを守り出口へと向かう。
エージェントたちにも追われ高速道路での危険なカーチェイスをしながら命からがら逃げ出す。
そして、キーマスターと共にソースへ向かうがネオは夢が気になりトリニティには来ないでくれと頼む。
トリニティは了承するがマトリックス内でネオがピンチに陥ったため助けるために約束を破りマトリックスへ侵入する。
トリニティのお陰で無事ソースへと辿り着いたネオは設計者と対面する。
設計者はネオに救世主も預言者もザイオンまでもが全てプログラムだと伝える。
この一連の流れも繰り返し行われるプログラムだと言われる。
決まっていたことだと・・。
ネオは選択することによって変えられるというが、その選択もプログラムの一部だと。
そして、２つの扉を指し示され１つはザイオンが滅びるがトリニティを助ける扉。もう１つはザイオン人類を助ける扉。
トリニティは今まさに夢の通りに死にそうになっていた。
ネオは迷わずトリニティを助けに行く。
銃弾を浴びビルの上から落ちていくトリニティを寸前でキャッチしてネオはトリニティを抱き締める。
トリニティは１度は息を引き取るがネオの愛の力で息を吹き返す。
現実世界ではセンチネルの大群がザイオンに迫っていた。
船に戻ったネオたちもセンチネルに追われる。
そして、センチネルが迫ってきたそのときネオは手をかざしセンチネルを倒してしまう。