以下、広島市での事例です。
①設立申請（広島市市民活動推進課）
認証申請書、設立趣旨書、定款案、役員名簿、就任承諾書、社員名簿、確認書
議事録謄本、事業計画書、活動予算書、（委任状）
⇒手続き後、認証通知書が広島市から送付（約2か月後）。
②印鑑登録（法務局）
印鑑届出書
③法人登記（法務局）
登記申請書、就任承諾書、定款案、（委任状）
※印鑑証明も提出したような…。
⇒手続き後、法人番号指定通知書が国税庁から送付（数日後）。
④登記報告（広島市市民活動推進課）
登記完了届出書、登記事項証明書、財産目録
⑤法人設立届（広島県西部税務事務所）
設置届、定款、登記事項証明書、均等割申告書、事業計画書、活動予算書
⇒手続き後、減免決定通知書が広島県から送付（約5か月後）。
⑥設立申告（広島市市民税課）
設立申告書、均等割申告書、減免申請書、定款、登記事項証明書、財産目録
事業計画書、活動予算書
⇒手続き後、減免の通知が広島市から送付（約7か月後）。
提出の順に掲載しましたが、こうしてみると、書類が多いですね。
なお、流れとしては①により設立申請を行い、認証通知書を受けったのち2週間以内に
③の法人登記を行います（②は③と同日に行います）。
その後、④、⑤、⑥を提出します。
通常の一般社団法人設立では①、④がなく、
⑥の際に住民税均等割の減免申請が必要ありませんね。
ちなみにNPO設立時には他自治体でも同様の手続きは必要かと思いますが、
①、④、⑤、⑥の提出書類には差異があると思うので、各自治体のHPなどでご確認ください。