1868~9年
(軽き任務を受け)會津から落ち延び、榎本艦隊と合流する。
箱館戦線で江差まで戦うが、箱館で捕らえられ、館林藩預け置きとなる。

1870年
本姓の保科に改姓。

1872年
伊豆松川にて、謹申学舎塾(岩科学校)の塾長となる。

1875年
現・福島県東白川郡棚倉町の都々古別(つつこわけ)神社の宮司となる。

1877年
西南戦争。西郷隆盛との書簡によるやり取りを疑われ、逮捕される。

1879年
長男吉十郎病没。
志田(後、西郷)四郎を養子とする。

1880年
日光東照宮の禰宜に。
同年、旧會津藩主・容保公は宮司になる。
(おそらく、戦後、初めての再会。)

1887年
東照宮の禰宜を辞し、大同団結運動に加わる。
會津と東京を拠点として政治活動に加わる。
代議士となる準備を進めていたが、運動が瓦解したため、政治運動から身を引いた。
(おそらく、戦後、初めて會津へ帰った?)