販売収益の一定割合がアフィリエイト側の収益となることが、大げさまたは不正確な表現を用いて購買を促すインセンティブとなりうることも問題をはらんでいる。現実にアフィリエイトを行うサイトが無数に存在することや、その媒体がブログなど入れ替わりが早いものが中心であることから、明らかな詐欺や薬事法違反などがあった場合にもその取締りは困難である。このような問題点に対し、業界団体である日本アフィリエイト・サービス協会はガイドライン[10]を出し、適切なアフィリエイトプログラムの運用を呼びかけている。
検索エンジンサイト各社ではプログラムにより作られた、内容に意味の無い文章だけのアフィリエイト広告を表示するためだけのページや、プログラムを利用した単語の繰り返し、アフィリエイト広告だけが載っているようなページを意図的に弾く仕組みを構築している。プログラムにより作られた内容に意味のない文章だけのブログもあり、それらは「スパムブログ」、または「スプログ」などと呼ばれている。このスプログは、制作を簡易にするツールが販売されており、1ユーザで幾重ものスプログが作られるようになり、物量で収入を稼ぐ悪質なケースに陥っている。
検索エンジンサイト・グーグルでは、アフィリエイトを行っているからといって、サイトを検索エンジンのインデックス（登録）から弾くことはないが、内容のないスパムブログ等は検索エンジンにインデックスしないと公式に表明している[
wikipedia引用