ルーズベルトは日本を国として、政府として無条件降伏させたいと考えていたが、トルーマンは、知日派の元駐日大使グルーに命じて、日本側があまり名誉を傷つけられたと思わずに受諾できるような終戦の条件を考案するよう命じた。そこで有能な補佐官をつけてもらい、グルー元大使が作り上げたものが「ポツダム宣言」の原案である。
このあと、アメリカの特使が、スターリンに会いに行き、このことを説明した。スターリンは「ルーズベルトが言っていたように日本を国として、政府として無条件降伏させたい。しかし、日本本土決戦をすると大変な数の犠牲者を出すなら、仕方ない。しかし、いったん有条件降伏（条件付降伏）という形であれ、日本に降伏を受諾させたら、徹底して日本の非武装化をやろう。わわわれの思うとおりに日本を改造して、結果として日本が国として無条件降伏をしたのと同じ結果を実現できるだろう」と言った。
草案では「天皇制の維持」を保証する文章があった。これは国務次官であったグルー（駐日大使を長く務めた知日派）が考え出した案で、天皇の地位を保証すれば日本は講和に応じることを知っており、ドイツ降伏後の昭和20年5月末から何度もトルーマン にそれを進言していた。陸軍長官のスチムソンや他の政府高官たちも同じ認識を持ち、トルーマンに働きかけていた。しかし、トルーマンは草案にあった天皇の地位保全に関する部分をわざわざ削除した。日本がポツダム宣言を受諾できないようにするためである。トルーマンは原爆投下前に日本に降伏させたくなかったのである。
ポツダム宣言発表のおよそ2ヵ月後に広島、長崎に原爆が投下され、ソ連は日ソ中立条約を一方的に侵犯し、満州に進攻した。
広島、長崎原爆投下
日ソ中立条約破棄
その後、日本はポツダム宣言を受諾 することになる。
ポツダム宣言受諾
上記の通り、ポツダム宣言の第5条には「我々の条件は以下の通り」として種々の降伏条件が記されている。つまり、ポツダム宣言の受諾とは、そこに盛り込まれた条件を日本が受け取った、という意味である。これは有条件降伏であるという意味であって、決して無条件降伏などではない。
ところが、日本は無条件降伏したと誤解している者が多い。それはポツダム宣言の第13条に書かれている内容が誤って解釈されているからである（誤って解釈させようとしている悪質な輩がいるのも大きな原因）。
ここで述べられている「無条件降伏」とは「全日本国軍隊の無条件降伏」であり、それを「日本国政府が宣言する」ことが要求されている。日本国政府の無条件降伏が要求されているわけではない。日本軍に無条件降伏させることを、日本政府に要求しているのである。つまり、支那大陸、東南アジアなどで、支那軍とかイギリス軍とか、アメリカ軍を相手に、それぞれの指揮官の下で戦っている日本の軍隊は、おのおのが一々相手側と直接交渉して、ああだこうだといいながら条件を決めて武装解除を受けたり、復員したりするのではなしに、黙って武装解除を受けろ、ということである。
したがって、軍隊は無条件で降伏する、しかし、国家としては有条件で終戦したというのが国際法上の正しい解釈である。
さらにポツダム宣言の第9条には「日本軍は武装を解除された後、各自の家庭に復帰し、平和的な生活を営む機会を与えられる」と、日本軍が完全に武装解除することは、条件として確かに掲げられている。
現在、国際法学者の間では、戦争をして勝っているほうと負けているほうとが降伏についての取り決めをする場合に、お互いに何らかのお約束をしあった場合には、決して無条件降伏なるものはあり得ない、というのが通説である。
ポツダム宣言を読めばわかるが、個々の戦争犯罪人に対して、なにか裁判を行うとか、もしくは処刑をするというようなことを示唆するものは、どこにも発見することができない。
日本はポツダム宣言を受諾したのであり、そこに書かれた条件は連合国側も束縛するものとなっているはずだ、と後の東京裁判で清瀬弁護人が主張している。ソ連のシベリア抑留という蛮行は紛れもなくポツダム宣言第9条に違反している。