明応2年(1493年)、真如堂の本堂が完成します、永禄12年(1569年)将軍足利義昭の命によって一条通北に移転します。

天正15年(1587年)、今度は豊臣秀吉によって聚楽第建設のために京極今出川に移転する。慶長9年(1604年)豊臣秀頼の寄進によって本堂が建立されます。