やはり感じ悪く聞こえるのは、「うん。うん。」と、低い口調で聞いてるのか聞いてないのか、解らない口調が、感じ悪く聞こえます。

これは、どんな仕事でも言える事です。
今の入院している病棟には、2人だけですが居ます。

その中の1人は、明るく元気な声なので、さほど悪くは聞こえません。

ですが、やはり社会人なのですから、返事は「はい」ですよね!

簡単な事だと思います。