BSジャパンはテレビ東京の地上波系列局と同列の扱いを受け、テレビ東京の番組を数多く放送していますが、
ニュースなど一部の番組を除いて数日から数週間遅れて放送されています。
これは、BSジャパンでテレビ東京の番組を同時放送すると
テレビ東京系列の地方局で視聴率などに影響が出ることが予想されるため、地方局への配慮という側面もありますが、
これ以上に厄介な要因がもう一つあります。
テレビ東京はBSデジタル放送開始当初からBSジャパンを地上波系列局と同列に扱う方針を示していたこともあって、テレビ東京との同時放送を編成の柱に据えていたのですが、
これを巡って音事協とトラブルを起こしたことがありました。
音事協とは正式名称が社団法人日本音楽事業者協会と言い、
知的財産の維持・管理、つまりタレントの映像や画像の二次使用に関して放送局や出版社と契約を交わしたり、
違反があった場合には警告を発したりといった仕事をしているのですが、
大手を始め主要な芸能プロダクションはほとんどが加盟しているため、業界での影響力は強いようです。
いくらテレビ東京がBSジャパンを地上波系列局と同列に扱うとは言っても、
地上波放送とBSデジタル放送といった放送媒体が異なる場合は権利者にそれぞれ別個に許諾を得る必要があるわけですが、
テレビ東京はこれをあまり深刻に捉えていなかったようで、
音事協が以前からBSデジタル放送での地上波番組の同時放送に反対と言っていたにも関わらず、
音事協の許諾を得ないまま2000年12月に見切り発車をしてしまったのです。
これに対して音事協から強い抗議を受け、
芸能プロクションに所属している方が出演している番組に関しては地上波との同時放送を中止
また地上波放送から1年以上経過していない番組は
原則としてBSジャパンで放送しない取り決めがなされました（つまりニュース番組やアニメ番組は対象外となります）。
ただ2001年以降にテレビ東京と音事協の間で新たな話し合いが持たれたようで、現在は一部番組を除いて数日遅れで放送されるに至っていますが、
残念ながら視聴者からの要望が強い『おはスタ』は現在もまだ放送再開されていません。
また他のBSデジタル放送局でも地上波番組を放送していますが、これらは事前に音事協との契約をクリアしており、
また地上波番組が局の編成全体の一部でしかないので、大きな問題にはなっていません。
それ以来、糞番組編成を余儀なくされ、大赤字を出してしまった。
その後、テレ東系のBS系プレミアムチャンネルと位置付け、地上波では見られない高級感溢れる番組を製作し、好評を博す。
現在はテレビ東京HD完全子会社の放送局となり、遅れながらも地上波番組を徐々に増やしているものの、
開局以来同時ネットだっあＷＢＳが遅れネットに繰り下げられた。（地上波系列放送局視聴エリアに対する見逃し対策の一環）
