【R】ファイルから直接距離行列を読ませてデンドログラムを作る

as.dist() を使えばいいらしい．

例えば，以下の距離行列が書かれたcsvファイルがあったとする．

hoge.csv
-----------
a, b, c, d
0,,,
1,0,,
2,3,0,
4,5,6,0
------------

これを R で処理するには，

1.
> x <- read.table("hoge.csv", sep=",", header=TRUE)
> plot(hclust(as.dist(x)))

2.
> x <- matrix(scan("hoge.csv", sep=",", skip=1), ncol=4, byrow=TRUE)
> plot(hclust(as.dist(x)))

1と2の結果は同じ．
しかし，2の方法は左にキーがある場合は無理．左にある場合，

> x <- read.table("hoge.csv", sep=",", header=TRUE, row.names=1)