津波に備え、JR西日本は28日正午から、紀勢線の和歌山-新宮間で列車の運転を中止した。和歌山方面発着の「くろしお」など特急20本も運休した。
JR四国でも、徳島県内の鳴門、牟岐両線全線と、愛媛県内の予讃線八幡浜-宇和島間(特急は松山-宇和島間)など5路線の一部で午後6時までに上下計191本が運休、約1万人に影響が出た。また、瀬戸内海の航路でフェリーなどが次々と欠航した。
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