パピーのシステムは「パピーSFS」というひとつのファイルにまとめて収められている。このファイルは書き込み不可。変更部分（差分）は書き込み可能な別ファイル、pupsaveファイルに収められる。
「RAMモード」とは、pupsaveを用いないでパピーを起動することを言う。変更のない、パピーの素の状態で動作する。アプリをインストールしたり誤操作によってパピーのシステムがおかしくなったとき、RAMモードで起動すれば最初の状態になる。
パピーをRAMモードで起動するには、パピー起動時にオプション'pfix=ram'を加える。パピーリナックス日本語版CDには「RAMモード」が起動メニューに現れる。Grub4Dosをブートローダーにしたときも、このメニューができる。
本家(英語)版などでメニューが現れないときは起動画面で 'puppy pfix=ram'と入力する。ただし本家版は英語キーボードを前提としている。日本語キーボードでは'='は、その隣の'^'の位置になる。
Frugalインストールでない「FULL」インストールではRAMモードで起動することができない。FULLインストールが推奨されない理由のいちばん大きな理由がこれ。
また pupsaveをファイルではなくパーティション全体に保存するとRAMモードで起動できない。