関税を設定している農林水産物８３４品目のうち協定発効後に約半数で撤廃する。海外の安い産品の輸入が拡大して家計にプラスに働くことが期待される一方、国内の生産農家の経営を圧迫する恐れもある。
政府は、高関税で保護してきたコメ▽麦▽牛・豚肉▽砂糖▽乳製品の「重要５項目」のうち主な品目については、関税引き下げなどの合意内容を既に発表しているが、それ以外の品目を追加で明らかにした。
オレンジの関税率は現在、６～１１月に１６％、１２～５月に３２％（国産ミカンの収穫期を考慮し、季節によって異なる）。協定発効後に段階的に引き下 げ、４～１１月は６年目、１２～３月は８年目に撤廃する。１２～３月に輸入が急増した場合は関税率を上げる緊急輸入制限（セーフガード）措置も設ける。年 間の国内生産量８６万トン（温州ミカン）に対し、オレンジの輸入量は年約１２万トンで、ＴＰＰに参加する米国とオーストラリアがほとんどを占める。
サクランボの関税率は現在８．５％だが、６年目に撤廃する。交渉で米国が「即時撤廃を強く求めてきた」（交渉筋）という。ただ、農水省は「国産サクランボと米国産のアメリカンチェリーは市場ですみ分けが進んでおり、大きな影響がないのでは」とみている。
ケチャップやジュースに使われるトマト加工品は１６～２９・８％の関税を６～１１年目に撤廃する。
畜産物では、牛タンやハラミなどの関税率が現行１２・８％だが、牛タンは１１年目、ハラミは１３年目に撤廃する。ハム・ベーコンやソーセージなどの豚肉調製品▽鶏肉▽鶏卵▽はちみつなどの関税も段階的に撤廃される。
牛タンやハラミはほとんどが米国などから輸入されているため、輸入業者などによると、関税撤廃に伴い、単純計算でスーパーや焼き肉店などでの価格が１割 程度下がる可能性がある。ただ、「為替や牛肉相場の変動に比べれば、関税の価格への影響はそれほど大きくない」（業者）とも言われ、値下がりが小幅にとど まる可能性もある。
