サブドメインとは、
http://www.aaa.com/ の「www」の部分を「mikan」とか「banana」などにした状態です。
http://mikan.aaa.com/
http://banana.aaa.com/ このようになります。
サブディレクトリとは、
http://www.aaa.com/ の後に「mikan」とか「banana」のフォルダを追加するような状態です。
http://www.aaa.com/mikan/
http://www.aaa.com/banana/ このような感じです。
どちらがSEO的に良いの？などとよく質問されるのですが、
どちらも同じようなものだと思います。
私個人の考え方を紹介すると、サブドメインは独立性がある使い方、
サブディレクトリは関連性がある使い方をしています。
例えば、サテライトサイトなど、
たくさんのサイトを作成する必要がある時は、
サブドメインを使って作る場合があります。
その際、各々のサイトには内容や被リンク元などに
独立性を持たせています。
サブディレクトリの場合は、
ドメイン全体に関連性を持たせて作ることが殆どです。
例えば、http://お家リフォーム.com/ であれば、
http://お家リフォーム.com/tokyo/
http://お家リフォーム.com/osaka/
などのように、
地域ごとに分けたり商品ごとに分けたりすると良いと思います。
上記の構成で作成すると、
サブディレクトリでサイト（ページ）を増やして行く方が
ドメインの力を強化しやすいでしょう。
結論としては、サイト構成を考え
用途に応じた使い分けをすればよろしいかと思います。
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