「京都十六社巡り「熊野神社」御祭神・伊弉諾尊・伊弉冉尊とその御子神天照大神であり、縁結び・安産の御利益があると言われている。また病気平癒の御祈祷も多いという。創建由来は弘仁２年（８１１）修験道の始祖の役小角の十世僧日圓が国家鎮護の為に紀州熊野大神を勧請した事に始まる。
寛治４年（１０９０）白河上皇の勅願により創立された聖護院は、当社を守護神として崇められ別当職を置いて管理した。平安末期白河上皇は度々熊野詣を行われたが、当社にも厚く尊信を寄せられたという。寛文６年（１６６６）聖護院宮寛法親王は、令旨を下され再建された。その境域は鴨川までいたる広大な神域であった。その後、天保６年（１８３５）には大修理が行われ、現在の本殿は、この時に、賀茂御祖神社から移築された代表的な流れ造りである。