京都十六社巡り・御靈神社・祭神・崇道天皇、井上大皇后、他戸親王、藤原大夫人、橘大夫、文大夫、火雷神、吉備大臣、三社明神、和光明神・京都市上京区上御霊前通烏丸東入上御霊竪町495番地・平安遷都にあたり延暦１３年（７９４）桓武天皇が平安京の守り神として早良親王（崇道天皇）の神霊をおまつりされたのが当神社のおこりです。当時天変地異や疫病の流行があいつぎ、それは非運の中に亡くなられた高貴の人々のお心によるものとされ、その人々の御霊を丁重におまつりすることによって、災いをなくそうという御霊信仰が盛んになりました。
そしてそのお祭りを御霊会（ごりょうえ）といい、京都の夏祭りの多くは御霊会ですが、当神社の祭礼はその発祥であります。以後、井上内親王、他戸親王を始めとする１３柱の神霊が祀られ現在に至っています。又、文正二年（１４６７）畠山政長が当社御霊の森に立てこもり、畠山義就と戦いを交えたのが応仁の乱の始まりとなりました。