「神仏霊場巡り」金峯山寺・奈良県吉野郡吉野町にある金峰山修験本宗（修験道）の本山である。本尊は蔵王権現、開基は役小角と伝える。
金峯山寺の所在する吉野山は、古来桜の名所として知られ、南北朝時代には南朝の中心地でもあった。
「金峯山」とは、単独の峰の呼称ではなく、吉野山と、その南方二十数キロの大峯山系に位置する山上ヶ岳を含む山岳霊場を包括した名称であった。
吉野・大峯は古代から山岳信仰の聖地であり、平安時代以降は霊場として多くの参詣人を集めてきた。
吉野・大峯の霊場は、和歌山県の高野山と熊野三山、及びこれら霊場同士を結ぶ巡礼路とともに世界遺産「紀伊山地の霊場と参詣道」の構成要素となっている。
奈良県南部の吉野山に位置する金峯山寺は、七世紀に活動した伝説的な山林修行者・役小角が開創したと伝え、蔵王権現を本尊とする寺院である。
金峯山寺のある吉野山には吉水神社、如意輪寺、竹林院、桜本坊、喜蔵院、吉野水分神社、金峯神社など、他にも多くの社寺が存在する。
金峯山寺の中興の祖とされるのは、平安時代前期の真言宗の僧で、京都の醍醐寺を開いたことでも知られる聖宝である。『聖宝僧正伝』によれば、聖宝は寛平六年（894年）、荒廃していた金峯山を再興し、参詣路を整備し、堂を建立して如意輪観音、多聞天、金剛蔵王菩薩を安置したという。
両部曼荼羅密教末法思想浄土信仰金峯山に参詣した著名人には、宇多法皇、藤原道長、藤原師通、白河上皇などがいる。
このうち、藤原道長は山上の金峯山寺蔵王堂付近に金峯山経塚を造営しており、日本最古の経塚として知られている。埋納された経筒は江戸時代に発掘され現存している。
金峯山は未来仏である弥勒仏の浄土と見なされ、金峯山（山上ヶ岳）の頂上付近には多くの経塚が造営された。
修験道は中世末期以降、「本山派」と「当山派」の二つに大きく分かれた。本山派は天台宗系で、園城寺（三井寺）の円珍を開祖とする。
この派は主に熊野で活動し、総本山は天台宗寺門派の聖護院である。一方の当山派は真言宗系で、聖宝を開祖とする。吉野を主な活動地とし、総本山は醍醐寺三宝院であった。
金峯山寺は中興の祖である聖宝との関係で、当山派との繋がりが強かった。南北朝時代、後醍醐天皇が吉野に移り、南朝を興したのにも、こうした軍事的背景があった。
近世に入って慶長19年（1614年）、徳川家康の命により、天台宗の僧である天海（江戸・寛永寺などの開山）が金峯山寺の学頭になり、金峯山は天台宗の傘下に置かれることとなった。
明治維新に入り修験道信仰は多大な打撃をこうむった。1868年（明治元年）発布された神仏分離令によって、長年全国各地で行われてきた神仏習合の信仰は廃止され、寺院は廃寺になるか、神社に変更し生き延びるほかなかった。
1872年（明治五年）には追い討ちをかけた形で修験道廃止令が発布され、1874年（明治七年）には金峯山寺自体も廃寺に追い込まれた。
僧侶・修験道者らの嘆願により、1886年（明治十九年）には「天台宗修験派」として修験道の再興が図られ、金峯山寺は寺院として復興存続が果たせた。
ただし、山上の蔵王堂は「大峯山寺」として、金峯山寺とは分離され現在に至っている。太平洋戦争後の1948年（昭和二十三年）に、天台宗から分派独立して大峯修験宗が成立し、1952年（昭和二十七年）には金峯山修験本宗と改称、金峯山寺が同宗総本山となっている。