「神仏霊場巡り」金剛輪寺・滋賀県愛知郡愛荘町にある天台宗の寺院。本尊は聖観音、開基は行基とされる。西明寺、百済寺（ひゃくさいじ）とともに湖東三山の一つに数えられる。
琵琶湖の東、鈴鹿山脈の西山腹に位置する金剛輪寺は、寺伝によれば奈良時代の僧・行基の開創とされ、創建は天平九年（737年）または天平十三年（741年）と伝える。
金剛輪寺の所在地は、昭和の市町村合併以前は秦川村といったことから、渡来系氏族の秦氏とも何らかの関係があったとする見方もある。
その後、平安時代前期の嘉承年間（848 - 851年）には天台宗の僧・円仁によって再興されたと伝え、寺では円仁を中興の祖としている。
以上の創建伝承を裏付ける確かな史料はないが、伝来する仏像の制作年代などから、平安時代後期には寺が存在したとみられる。平安時代から中世にかけての金剛輪寺の歴史は必ずしも明らかでないが、寺内には平安時代後期から鎌倉時代の仏像が多く残る。
本堂の須弥壇金具には弘安十一年（1288年）の銘があるが、これは前身本堂のもので、現存する本堂は南北朝時代の再興とみられる。
天正元年（1573年）、織田信長の兵火で湖東三山の1つである百済寺は全焼し、金剛輪寺も被害を受けるが、現存の本堂、三重塔は寺僧の尽力で焼失をまぬがれたという。当寺の本堂をはじめとする中心堂宇は総門や本坊のある地点から数百メートルの石段を上ったはるか奥にあるため、見落とされ、焼き討ちをまぬがれたのではないかという説もある。