１２日午前４時半ごろ、長崎市の水産会社「山田水産」から「長崎県の五島列島沖で漁船が行方不明になった」と長崎海上保安部に通報があった。第７管区海上保安本部によると、漁船は底引き網漁船の「第２山田丸」（股張保船長、１１３トン、乗組員１０人）。一緒に航行していた僚船の「第１山田丸」が五島列島の北西約８５キロの海上で、第２山田丸のものと見られる救命いかだを発見したという。７管は巡視船５隻、航空機２機を出して現場海域を捜索している。
７管と山田水産によると、第２山田丸は日本人４人と中国人６人が乗っていた。１１日午後２時ごろ、第１山田丸と２隻で長崎港を出航。１２日午前９時ごろに韓国・チェジュ島東の沖合に到着し、イカやカニなどを捕る予定だったという。
長崎海洋気象台によると、五島列島の西側には当時、風速１５メートル以上の海上風警報が出ていた。また、長崎県西部には強風・波浪注意報が出ていた。７管によると波の高さは２．５～３メートルだった。
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