日本産稚魚図鑑第二版（2014）の分類体系は，「概説，pp.xxvii」に以下のように記載されているように，基本的に魚類検索第三版（2013）に準拠している。
“本書（第二版）は基本的に中坊編（2013）の「日本産魚類検索，第三版」に収録された真骨亜区 Teleostei の種類を対象とし，分類体系や分類群別の日本産種の構成についても，ほぼ同書に従った.”
ここで“ほぼ”となっているように，あくまで“基本的に”である。
混乱が生じないよう，以下に異なっている箇所を明記するので，留意事項として頂きたい。
ゲンゲ亜目の分類で，
・カズナギ類（イトギンポ属，ヒメイトギンポ属，カズナギ属）は，
魚類検索ではタウエガジ科に含められているが，
稚魚図鑑では，ヒメイトギンポ属，カズナギ属はゲンゲ科に含められている（下記のリストの★印）。
・科の記載順が異なっている。
・稚魚図鑑ではタウエガジ科に７亜科が設定されている。
・科の記載順が異なっている。
・稚魚図鑑ではタウエガジ科に７亜科が設定されている。
これは塩垣さんの博士論文↓を尊重したことによると聞いている。
“塩垣 優（1993）．北方系ギンポ類の産卵生態，仔稚魚の形態および系統に関する研究．東京大学学位請求論文，193 pp., 62 pls.”
●メダマウオ科 Bathymasteridae
スミツキメダマウオ［メダマウオ属］
マダラメダマウオ［メダマウオ属］
●タウエガジ科 Stichaeidae
・タウエガジ亜科 Stichaeinae
ツチガジ［タウエガジ属］
タウエガジ［タウエガジ属］
キタタウエガジ［タウエガジ属］
アメガジ［ゴマギンポ属］
ゴマギンポ［ゴマギンポ属］
ナガヅカ ［ナガヅカ属］
・フサギンポ亜科 Chirolophinae
フサカケギンポ［フサカケギンポ属］
フサギンポ［フサギンポ属］
アキギンポ［フサギンポ属］
ケムシギンポ［ケムシギンポ属］
・ダイナンギンポ亜科 Cebidichthyinae
ベニツケギンポ［ダイナンギンポ属］
ダイナンギンポ［ダイナンギンポ属］
ダイナンギンポ属の1 種［ダイナンギンポ属］
・アミメガジ亜科 Xiphisterinae
ムスジガジ［ ムスジガジ属］
・ムシャギンポ亜科 Alectriinae
ムシャギンポ［ムシャギンポ属］
ムツムシャギンポ［ムシャギンポ属］
ムシャギンポ属の1 種［ムシャギンポ属］
ニセキタノトサカ［ニセキタノトサカ属］
・オキカズナギ亜科 Opisthocentrinae
ムロランギンポ［ムロランギンポ属］
オキカズナギ［オキカズナギ属］
ガジ［オキカズナギ属］
ハナジロガジ［オキカズナギ属］
・ウナギガジ亜科 Lumpeninae
ウナギガジ［ウナギガジ属］
ヌイメガジ［ヌイメガジ属］
ネズミギンポ［ネズミギンポ属］
●ニシキギンポ科 Pholidae
ギンポ［ニシキギンポ属］
タケギンポ［ニシキギンポ属］
アヤギンポ［ニシキギンポ属］
ハコダテギンポ［ハコダテギンポ属］
●ハネガジ科 Ptilichthyidae
ハネガジ［ハネガジ属］
●ハダカオオカミウオ科 Cryptacanthodidae
ハダカオオカミウオ［ハダカオオカミウオ属］
●オオカミウオ科 Anarhichadidae
オオカミウオ［オオカミウオ属］
●ボウズギンポ科 Zaproridae
ボウズギンポ［ボウズギンポ属］
●ゲンゲ科 Zoarcidae
★ハナイトギンポ［ヒメイトギンポ属］
★トビイトギンポ［カズナギ属］
★カズナギ［カズナギ属］
ノロゲンゲ［シロゲンゲ属］