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この記事は2012年3月13日現在のアプリ申請についてまとめたものです。
記事内容の正確性は保証できません。それぞれの自己責任でお願いします。
追記(2012/05/29)：内容確認しました。
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本記事を作成するにあたり、以下のサイト様を参考にさせて頂きました。
参考にさせて頂いたサイト様の文章を一部転載させて頂いています。
問題がある場合は即刻該当箇所を修正しますのでご連絡をお願いします。
①配布用App IDの作成
アプリの開発とは別に配布用のApp IDを作成する必要があります。
こちらからiOS Dev Centerへログインします。
ページ右のサイドバーから「iOS Provisioning Portal」をクリック。
「App IDs」をクリックし、ページ右の「New App ID」をクリック。
Descriptionは自分がAppIDを区別するためのものなので自分が分かればOK。
Bundle Seed IDは適宜選んでください。
Bundle Identifierは他とかぶらないものであればOKです。
ドメイン名を逆にしたものを推奨してますけど、
実際、独自ドメイン取ってる人ってそうそういないですよね笑
開発チーム名とか個人名＋appnameとかで良いと思います。
Bundle IdentifierはXcodeのBundle Identifierと同じものにする。
全てOKならSubmitをクリック。
②配布用プロビジョニングファイルの作成
iOS Provisioning PortalからProvisioning→Distributionをクリック。
画面右の「New Profile」をクリックする。
Distribution MethodはApp Storeを選択。
Profile Nameはこれも自分が区別できれば何でもいいです。
Distribution Certificateは変更できないはずです。
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2012/9/29追記：
Distribution Certificateが create・・・ となっている場合、
下記サイトを参考にて作成する必要があります。
http://temping-amagramer.blogspot.jp/2010/12/iosdistribution-certificate.html
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App IDは↑で作ったものを選択。
Devicesは僕もよく分かりませんでした。
試した実機を選べってことなのかな？詳しい人お願いします。
僕は２つの実機を登録していて２つの実機でテストしたので、
Select Allを選択しました。で、Submitをクリック。
Statusは直後Padingになっていますが、時間が経てばActiveになります。
③配布用プロビジョニングファイルの登録
②で作成したProvisioningファイルをダウンロード。
ダウンロードしたファイルをダブルクリックするとオーガナイザーが起動し登録される。
④プロジェクトの設定
申請したいアプリをXcodeで開きます。
左メニューでプロジェクト名をクリック、右画面のTARGETSをクリック。
Build Settingsタブを選択し、Code SigningからDebugとReleaseの選択を変更します。
DebugはiPhone Developerを選択します。
ReleaseはiPhone Distributionを選択します。（作成したAppIDのもの）
ここでXcodeから一度離れますが、画面はそのままにしといてください。
⑤iTunes Connectでのアプリ情報の登録（英語）
ここの説明は、こちらをご覧ください。
非常に分かりやすいです。記事の情報は2012年1月のものなので、
多少差異はあるものの問題なくできるはずです。
（リンク確認：2012/9/29）
⑥iTunes Connectでのアプリ情報の登録（他言語）
ここの説明も、こちらをご覧ください。
（リンク確認：2012/5/29）
⑦アプリのStatusを「Waiting For Upload」にする。
アプリ情報の入力が終わったら、Ready to Upload Binaryボタンをクリックする。
暗号化処理に関する質問画面が表示されるので、
暗号化処理を含んでいなければNoを選択する。
Continueをクリックし、アプリのStatusがWaiting For Uplaodになっているのを確認する。
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(2012.09.30追記)
上にはContinueと書いてありますが、現在はSaveに変わっています。
また、Saveボタンを押下後、何やら英文が出ますが、要点だけ絞って解説します。
・これでアップロードできます。
・アプリのアップロードはステータスが「Waiting for Review」の時だけできます。
・1回アップロードすると、ステータスは「Waiting for Review」になります。
・Xcodeが3.2.5以前だったら、バージョンアップしてからアップロードしてね。
で、Continueボタンをクリックしてください。
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⑧アーカイブを作成し、アップロードする。
Xcode4以降、buildではなくarchiveというコマンドで、
アーカイブを作成→オーガナイザからアップロード申請の流れになりました。
Xcode4→Product→Archiveを選ぶ。（実機テストが出来てないと表示されない。）
アーカイブが完成すると、オーガナイザが勝手に開く。
validateをクリックしてデータにエラーが無いかどうかをチェックします。
iTunes connectへのログイン情報を入力して実行。
No issues wee found(アプリ名) has passed～とか出てきたらOKです。
そしたら次は、「Distribute」ボタンをクリックして、
「Submit to the App Store」を選択してNextをクリック。
時期にアプリのアップロード処理が開始されます。
そうすると、また、No issues were found～とか出てきてます。そしたらOKです。
（同じような文章なんだけど、最後だけ微妙に違ってます笑）
オーガナイザ画面のアプリのStatusが、Submittedになっていることを確認します。
⑨アプリのStatusを「Waiting For Review」にする。
アプリのアップロードに成功すると、iTunes ConnectのVersionのStatusが
「Waiting For Upload」から「Waiting For Review」に変わります。
後はAppleの審査を待つだけです。お疲れさまでした。
参考サイト様：
本記事を作成するにあたり、以下のサイト様を参考にさせて頂きました。
参考にさせて頂いたサイト様の文章を一部転載させて頂いています。
皆様のお力が無ければ、この記事を作ることはおろか、
アプリを申請することさえ出来ませんでした。本当にありがとうございました。
記事内容に問題がある場合は即刻該当箇所を修正しますのでご連絡をお願いします。
①～③
iPhoneアプリ AppStore申請まとめ >>ASのおもちゃ箱開発ブログ
④
iOS(iPhone/iPad)アプリケーション公開申請までの流れ(Xcode4)
⑤～⑦
iTunes ConnectでiPhone/iPadアプリの新規登録を行う手順(2012年1月現在)
⑧
iOS(iPhone/iPad)アプリケーション公開申請までの流れ(Xcode4)
Xcode4におけるiTunes Connectへのアプリ登録手順：iPhoneアプリ開発備忘録
⑨
Xcode4におけるiTunes Connectへのアプリ登録手順：iPhoneアプリ開発備忘録
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この記事は2012年3月13日現在のアプリ申請についてまとめたものです。
記事内容の正確性は保証できません。それぞれの自己責任でお願いします。
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今後、自分がアプリを審査に出す時に役に立てばいいかなと思ってます。
その時に記事作成時との差異があれば随時訂正していく予定です。